Disse fremmede indtrængere eller antigener inkluderer ethvert stof eller organisme, der fremkalder en immunrespons.
Antistoffer genkender specifikke antigener ved at identificere visse områder på overfladen af antigenet kendt som antigene determinanter. Når den specifikke antigene determinant er genkendt, vil antistoffet binde til determinanten. Antigenet er mærket som en indtrængende og mærket til destruktion af andre immunceller. Antistoffer beskytter mod stoffer før celle infektion.
Plasmaceller skaber antistoffer, der er specifikke for et bestemt antigen. Plasmaceller genererer antistoffer, der er essentielle for grenen af immunsystemet kendt som det humorale immunsystem. Humoral immunitet er afhængig af cirkulationen af antistoffer i kropsvæsker og blodserum for at identificere og modvirke antigener.
Når der påvises et ukendt antigen i kroppen, kan det tage op til to uger, før plasmaceller kan generere nok antistoffer til at modvirke det specifikke antigen. Når infektionen er under kontrol, falder antistofproduktionen, og en lille prøve af antistoffer forbliver i cirkulation. Hvis dette særlige antigen skulle vises igen, vil antistofresponsen være meget hurtigere og mere kraftfuld.
De to lette kæder er identiske med hinanden, og de to tunge kæder er identiske. I enderne af både de tunge og lette kæder, i de områder, der udgør armene i den Y-formede struktur, er regioner kendt som antigen-bindende steder.
Det antigenbindende sted er det område af antistoffet, der genkender den specifikke antigene determinant og binder til antigenet. Da forskellige antistoffer genkender forskellige antigener, er antigenbindende steder forskellige for forskellige antistoffer. Dette område af molekylet er kendt som den variable region. Stammen af det Y-formede molekyle dannes af det længere område af de tunge kæder. Denne region kaldes den konstante region.
Fem primære klasser af antistoffer findes, hvor hver klasse spiller en særskilt rolle i det humane immunrespons. Disse klasser identificeres som IgG, IgM, IgA, IgD og IgE. Immunoglobulinklasser adskiller sig i strukturen af de tunge kæder i hvert molekyle.
Der er også et par underklasser af immunoglobuliner hos mennesker. Forskellene i underklasser er baseret på små variationer i de tunge kædeenheder af antistoffer i samme klasse. De lette kæder, der findes i immunoglobuliner, findes i to hovedformer. Disse lette kædetyper identificeres som kappa og lambda kæder.