Thomas Jefferson, en demokrat-republikaner, vandt formandskabet fra John Adams ved valget i 1800. Højder og lavet markerede hans udenrigspolitiske initiativer, der omfattede det spektakulært succesrige Louisiana-køb og den forfærdelige Embargo-akt.
År i kontoret: første valgperiode, 1801-1805; anden periode, 1805-1809.
Udenrigspolitisk rangering: første valgperiode, god; anden periode, katastrofal
Barbary War
Jefferson var den første præsident, der overtog amerikanske styrker til en fremmed krig. Barbary pirater, der sejler fra Tripoli (nu Libyas hovedstad) og andre steder i Nordafrika, havde længe krævet hyldestudbetalinger fra amerikanske handelsskibe, der ligger ved Middelhavet. I 1801 hævdede de imidlertid deres krav, og Jefferson krævede ophør med udøvelse af bestikkelse.
Jefferson sendte US Navy-skibe og en kontingent af marinesoldater til Tripoli, hvor et kort engagement med pirater markerede USAs første succesrige oversøiske venture. Konflikten hjalp også med at overbevise Jefferson, aldrig tilhænger af store stående hære, om, at De Forenede Stater havde brug for en professionelt uddannet militær officer. Som sådan underskrev han lovgivning om oprettelse af Det Forenede Stater Militære Akademi i West Point.
Louisiana-køb
I 1763 mistede Frankrig Den franske og den indiske krig til Storbritannien. Inden Paris-traktaten fra 1763 fjernede den permanent af alt territorium i Nordamerika, afgivede Frankrig Louisiana (et groft defineret territorium vest af Mississippi-floden og syd for den 49. parallel) til Spanien for diplomatisk "opbevaring." Frankrig planlagde at hente det fra Spanien i Spanien fremtid.
Aftalen gjorde Spanien nervøs, da den frygtede for at miste territoriet, først til Storbritannien og derefter til De Forenede Stater efter 1783. For at forhindre indtrængen lukkede Spanien periodisk Mississippi til anglo-amerikansk handel. Præsident Washington forhandlede gennem Pinckneys traktat i 1796 om en afslutning på spansk indblanding på floden.
I 1802 Napoleon, nu Frankrigs kejser, lavede planer om at få Louisiana tilbage fra Spanien. Jefferson erkendte, at den franske erhvervelse af Louisiana ville bortfalde Pinckneys traktat, og han sendte en diplomatisk delegation til Paris for at genforhandle den.
I mellemtiden havde et militærkorps, som Napoleon havde sendt til at besætte New Orleans, løbet af sygdom og revolution i Haiti. Efterfølgende opgav den sin mission, hvilket fik Napoleon til at betragte Louisiana for dyre og besværlige at vedligeholde.
På mødet med den amerikanske delegation tilbød Napoleons ministre at sælge USA hele Louisiana for 15 millioner dollars. Diplomaterne havde ikke myndighed til at foretage købet, så de skrev til Jefferson og ventede i uger på et svar.
Jefferson favoriserede en streng fortolkning af forfatningen; det vil sige, han favoriserede ikke bred bredde i fortolkningen af dokumentet. Han skiftede pludselig til en løs forfatningsmæssig fortolkning af den udøvende myndighed og gjorde købet okay. Dermed fordoblet han USAs størrelse billigt og uden krigføring. Det Louisiana-køb var Jefferson's største diplomatiske og udenrigspolitiske præstation.
Embargo Act
Da kampene mellem Frankrig og England blev intensiveret, forsøgte Jefferson at udforme en udenrigspolitik, der gjorde det muligt for De Forenede Stater at handle med begge krigsførere uden at tage sider i deres krig. Det var umuligt, da begge sider betragtede handel med den anden som en de facto krigshandling.
Mens begge lande krænkede amerikanske "neutrale handelsrettigheder" med en række handelsbegrænsninger, betragtede De Forenede Stater som store Storbritannien er den største krænker på grund af sin praksis med indtryk - kidnapping af amerikanske sejlere fra amerikanske skibe til at tjene i briterne flåde. I 1806 vedtog kongressen - nu kontrolleret af demokratiske republikanere - ikke-importloven, som forbød import af visse varer fra det britiske imperium.
Handlingen gjorde intet godt, og både Storbritannien og Frankrig nægtede fortsat amerikanske neutrale rettigheder. Kongressen og Jefferson reagerede i sidste ende med Embargo Act i 1807. Handlingen, tro det eller ej, forbød amerikansk handel med alle nationer - periode. Helt klart indeholdt handlingen smuthuller og nogle udenlandske varer kom ind, mens smuglere fik nogle Amerikanske varer ude. Men handlingen stoppede størstedelen af amerikansk handel og gjorde skade på nationens økonomi. Faktisk ødelagde den New Englands økonomi, som næsten udelukkende var afhængig af handel for at støtte dens økonomi.
Handlingen hviler delvist på Jeffersons manglende evne til at udforme en kreativ udenrigspolitik for situationen. Det påpegede også amerikansk arrogance, som mente de store europæiske nationer ville grotte ind uden amerikanske varer.
Embargo-loven mislykkedes, og Jefferson sluttede det bare dage før han forlod sit embedsmøde i marts 1809. Det markerede det laveste punkt i hans udenrigspolitiske forsøg.