Betingelserne, der fangede unionssoldater, varede ved Confederacy's Andersonville fængsel var forfærdelige. I løbet af de 18 måneder, som fængslet var i drift, døde næsten 13.000 unionssoldater af underernæring, sygdom og eksponering for elementerne på grund af umenneskelig behandling af Andersonville's Commander Henry Wirz. Så det burde virkelig ikke komme som nogen overraskelse, at hans retsforfølgning for krigsforbrydelser efter sydens overgivelse er den mest kendte retssag, der følger af Borgerkrig. Men det er ikke så almindeligt kendt, at der var næsten tusind andre militære retsforfølgelser af konføderaterne. Mange af disse skyldtes mishandling af fangede unionssoldater.
Henry Wirz
Henry Wirz tog kommandoen over Andersonville-fængslet den 27. marts 1864, cirka en måned efter, at de første fanger ankom der. En af Wirzs første handlinger var at skabe et område kaldet deadline-hegnet, designet til at øge sikkerheden ved at holde fanger væk fra stockmuren. Enhver fange, der krydsede ”deadline”, blev udsat for at blive skudt af fængselsvagterne. Under Wirz's regeringstid som kommandant brugte han trusler for at holde fanger i kø. Da trusler ikke så ud til at fungere, beordrede Wirz vagter for at skyde fanger. I
Maj 1865, Wirz blev arresteret i Andersonville og transporteret til Washington DC. at afvente retssag. Wirz blev forsøgt for sammensværgelse for at skade og / eller dræbe fangede soldater ved forkert at nægte dem adgang til mad, medicinsk forsyning og beklædning. Han blev også tiltalt for drab for personligt henrettelse af et antal fanger.Cirka 150 vidner vidnede om Wirz ved hans militære retssag, der varede fra 23. august til 18. oktober 1865. Efter at være fundet skyldig i alle sigtelser mod ham, blev Wirz dømt til døden og hængt den 10. november 1865.
James Duncan
James Duncan var en anden officer fra Andersonville Prison, som også blev arresteret. Duncan, der var blevet tildelt kontormesterens kontor, blev dømt for drab for forsætligt tilbageholdelse af mad fra fangerne. Han blev dømt til 15 års hårdt arbejde, men slap væk efter kun at have afsonet et år af sin dom.
Champ Ferguson
Ved begyndelsen af borgerkrigen var Champ Ferguson landmand i det østlige Tennessee. Dette områdes befolkning var temmelig lige fordelt mellem at støtte Unionen og Confederacy. Ferguson organiserede en guerillavirksomhed, der angreb og dræbte EU-sympatisører. Ferguson fungerede også som spejder for oberst John Hunt Morgan's Kentucky kavaleri, og Morgan promoverede Ferguson til rang som kaptajn for partisan Rangers. Den konfødererede kongres vedtog en foranstaltning kaldet Partisan Ranger Act, som muliggjorde rekruttering af uregelmæssigheder i brug. Det skal bemærkes, at på grund af manglende disciplin blandt Partisan Rangers, general Robert E. Lee opfordrede til at ophæve loven af den konfødererede kongres i februar 1864. Efter en retssag ved en militær domstol blev Ferguson dømt for at dræbe mere end 50 fangede unionssoldater. Han blev henrettet ved hængning i oktober 1865.
Robert Kennedy
Robert Kennedy var en konfødereret officer, der var blevet fanget af unionsstyrker og blev fængslet i Johnsons ø militære fængsel. Fængslet var placeret i Sandusky Bay, som ligger ved søen Erie-kysten kun få miles fra Sandusky, Ohio. Kennedy flygtede fra Johnsons ø i oktober 1864, hvor han tog vej ind i Canada - hvilket opretholdt neutralitet over for begge sider. Kennedy mødtes med flere konfødererede officerer, der brugte Canada som en lanceringsplade til at udføre krigshandlinger mod Unionen. Han deltog i et komplot til at starte brande på adskillige hoteller såvel som på et museum og et teater i New York City med det formål at overvælde de lokale myndigheder. Alle brande blev enten slukket hurtigt eller ikke skadet. Kennedy var den eneste, der blev fanget. Efter en retssag ved en militær domstol blev Kennedy henrettet ved hængning i marts 1865.