Joseph Eggleston Johnston blev født 3. februar 1807 i nærheden af Farmville, VA. Søn af dommer Peter Johnston og hans kone Mary, han blev opkaldt efter major Joseph Eggleston, hans fars kommandant under Amerikansk revolution. Johnston var også relateret til guvernør Patrick Henry gennem sin mors familie. I 1811 flyttede han med sin familie til Abingdon nær Tennessee-grænsen i det sydvestlige Virginia.
Uddannet lokalt blev Johnston accepteret til West Point i 1825 efter at han blev nomineret af krigsminister John C. Calhoun. Et medlem af samme klasse som Robert E. Lee, var han en god studerende og uddannede sig i 1829 på 13 af 46. Opdraget som anden løjtnant modtog Johnston en opgave til det fjerde amerikanske artilleri. I marts 1837 forlod han hæren for at begynde at studere civilingeniør.
Antebellum karriere
Senere samme år sluttede Johnston sig til en landmålsekspedition til Florida som civil topografisk ingeniør. Anført af løjtnant William Pope McArthur ankom gruppen i løbet af Anden Seminolskrig
. Den 18. januar 1838 blev de angrebet af Seminoles, mens de var i land i Jupiter, FL. I kampene blev Johnston græsset i hovedbunden, og McArthur såret i benene. Han hævdede senere, at der var "ikke mindre end 30 kulehuller" i hans tøj. Efter hændelsen besluttede Johnston at tilslutte sig den amerikanske hær og rejste til Washington, DC samme april. Udnævnt til en første løjtnant for topografiske ingeniører den 7. juli, blev han straks kortetteret til kaptajn for sine handlinger i Jupiter.I 1841 flyttede Johnston sydpå for at deltage i kortlægningen af grænsen mellem Texas og Mexico. Fire år senere giftede han sig med Lydia Mulligan Sims McLane, datter af Louis McLane, præsident for Baltimore og Ohio Railroad og fremtrædende tidligere politiker. Selvom parret blev gift indtil hendes død i 1887, havde parret aldrig børn. Et år efter Johnstons bryllup blev han indkaldt til handling med udbruddet af Mexicansk-amerikansk krig. Serverer med Generalmajor Winfield Scott's hær i 1847 deltog Johnston i kampagnen mod Mexico City. Oprindeligt en del af Scotts stab, tjente han senere som anden kommandant for et regiment af let infanteri. Mens han var i denne rolle, tjente han ros for sin præstation under Battles of Contreras og Churubusco. I løbet af kampagnen blev Johnston to gange kortfattet for mod og nåede til rang som oberstløytnant, såvel som han blev hårdt såret af drueskud mod Slaget ved Cerro Gordo og blev ramt igen kl Chapultepec.
Mellemkrigsår
Da han vendte tilbage til Texas efter konflikten, fungerede Johnston som chef topografisk ingeniør i Department of Texas fra 1848 til 1853. I løbet af denne tid begyndte han at skrive krigsekretær Jefferson Davis en række breve, der anmodede om en overførsel tilbage til et aktivt regiment og argumenterede over hans brevet rækker fra krigen. Disse anmodninger blev i vid udstrækning afvist, selv om Davis havde Johnston udnævnt til oberstløytnant for det nyoprettede 1. amerikanske kavaleri i Fort Leavenworth, KS i 1855. Serverer under Oberst Edwin V. Sumner, deltog han i kampagner mod Sioux og hjalp med til at dæmpe den blødende Kansas-krise. Bestilt til Jefferson Barracks, MO i 1856, deltog Johnston i ekspeditioner for at undersøge grænserne i Kansas.
Borgerkrigen
Efter tjeneste i Californien blev Johnston forfremmet til brigadiergeneral og udnævnt til quartermaster-general for den amerikanske hær den 28. juni 1860. Med begyndelsen af Borgerkrig i april 1861 og løsrivelse fra hans hjemland Virginia, trak Johnston sig fra den amerikanske hær. Johnston blev den højest placerede officer for at forlade den amerikanske hær til konføderationen, og oprindeligt blev han udnævnt til major general i Virginia-militsen, inden han accepterede en kommission som brigadegeneral i den konfødererede hær den maj 14. Sendt til Harpers færge tog han kommandoen over tropper, der var samlet under kommando af Oberst Thomas Jackson.
Døbt Shenandoah-hæren, stormede Johnstons kommando øst i juli for at hjælpe Brigadegeneral P.G.T. Beauregard's Army of the Potomac i løbet af Første slag om Bull Run. Da Johnstons mænd ankom til marken, hjalp det med at vende kampene for tidevand og sikrede en konfødereret sejr. I ugerne efter slaget hjalp han med at designe det berømte konfødererede slagflag, inden han modtog en forfremmelse til general i august. Selvom hans forfremmelse blev dateret til 4. juli, blev Johnston vred over, at han var junior i Samuel Cooper, Albert Sidney Johnston, og Lee.
Halvøen
Som den højest placerede officer, der forlader den amerikanske hær, mente Johnston bestemt, at han burde have været højtstående officer i den konfødererede hær. Argumenter med den nu konfødererede præsident Jefferson Davis om dette punkt forsinkede deres forhold yderligere, og de to mænd blev faktisk fjender for resten af konflikten. Placeret under kommando for Army of the Potomac (senere hær i Nord Virginia) flyttede Johnston syd i foråret 1862 for at håndtere Generalmajor George McClellan's halvø-kampagne. Oprindeligt blokerede unionsstyrker kl Yorktown og kæmper i Williamsburg, Johnston begyndte en langsom tilbagetrækning vest.
Nær Richmond blev han tvunget til at stille et standpunkt og angreb Unionens hær kl Seven Pines den 31. maj. Selvom han stoppede McClellans fremskridt, blev Johnston hårdt såret i skulder og bryst. Taget bagpå for at komme sig, blev hæren befalet til Lee. Johnston, der blev kritiseret for at have givet grund før Richmond, var en af få, der straks havde erkendt det Forbundet manglede Unionens materielle og arbejdskraft, og han arbejdede for at beskytte disse begrænsede aktiver. Som et resultat overgav han ofte jorden, mens han søgte at beskytte sin hær og finde fordelagtige positioner, som han kunne kæmpe fra.
I Vesten
Johnston blev genoprettet efter sine sår, og han fik kommandoen over departementet for vesten. Fra denne position overvågede han handlingerne fra General Braxton Bragg's Army of Tennessee og Generalløjtnant John Pembertonkommando i Vicksburg. Med Generalmajor Ulysses S. Give i kampagnen mod Vicksburg, ønskede Johnston, at Pemberton skulle forene sig med ham, så deres samlede styrke kunne besejre unionshæren. Dette blev blokeret af Davis, der ønskede, at Pemberton skulle forblive inden for Vicksburg-forsvaret. I mangel af mændene til at udfordre Grant blev Johnston tvunget til at evakuere Jackson, MS, hvilket gjorde det muligt for byen at blive taget og brændt.
Med tilskud belejrer Vicksburg, Vendte Johnston tilbage til Jackson og arbejdede med at opbygge en nødhjælpsstyrke. Afrejse til Vicksburg i begyndelsen af juli, fik han at vide, at byen havde kapituleret den 4. juli. Da han faldt tilbage til Jackson, blev han kørt fra byen senere den måned af Generalmajor William T. Sherman. Dette fald efter hans nederlag ved Slaget ved Chattanooga, Bragg bad om at være lettet. Motvilligt udnævnte Davis Johnston til at kommandere hæren i Tennessee i december. Antaget kommando, kom Johnston under pres fra Davis for at angribe Chattanooga, men var ikke i stand til det på grund af mangel på forsyninger.
Atlanta-kampagnen
Forud for at Shermans Union-styrker i Chattanooga ville flytte mod Atlanta i foråret, byggede Johnston en stærk forsvarsposition i Dalton, GA. Da Sherman begyndte at gå videre i maj, undgik han direkte angreb på de konfødererede forsvar og i stedet begyndte en række vendende manøvrer, der tvang Johnston til at opgive position efter position. Johnston gav plads til tiden og kæmpede for en række små slag på steder som Resaca og New Hope Church. Den 27. juni lykkedes det ham med at stoppe et større EU-angreb kl Kennesaw Mountain, men igen så Sherman bevæge sig rundt om hans flanke. Vred på grund af en opfattet mangel på aggression erstattede Davis kontroversielt Johnston den 17. juli med General John Bell Hood. Hyper-aggressiv, Hood angreb gentagne gange Sherman men mistede Atlanta den september.
Afsluttende kampagner
Da konfødererede formuer blev markeret i begyndelsen af 1865, blev Davis presset til at give den populære Johnston en ny kommando. Udnævnt til at lede Department of South Carolina, Georgia og Florida, samt Department of North Carolina og det sydlige Virginia, han besidde få tropper, som han kunne forhindre Shermans fremskridt nordfra Savannah. I slutningen af marts overraskede Johnston en del af Shermans hær i slaget ved Bentonville, men blev i sidste ende tvunget til at trække sig tilbage. Læring af Lees overgivelse ved Appomattox den 9. april begyndte Johnston at overgive samtaler med Sherman på Bennett Place, NC. Efter omfattende forhandlinger overgav Johnston de næsten 90.000 tropper i sine afdelinger den 26. april. Efter overgivelsen gav Sherman Johnstons sultne mænd ti dages rationer, en gestus, som den konfødererede kommandør aldrig glemte.
Senere år
Efter krigen bosatte Johnston sig i Savannah, GA og forfulgte en række forretningsinteresser. Da han vendte tilbage til Virginia i 1877, tjente han en periode i kongressen (1879-1881) og blev senere kommissær for jernbaner i Cleveland-administrationen. Kritisk over for sine kolleger i de sydlige statsborgere tjente han som pallbærer ved Shermans begravelse den 19. februar 1891. Trods koldt og regnfuldt vejr nægtede han at bære en hat som et tegn på respekt for sin faldne modstander og fik lungebetændelse. Efter flere ugers kamp mod sygdommen døde han den 21. marts. Johnston blev begravet på Green Mount Cemetery i Baltimore, MD.