Som alle videnskabsfolk bygde Darwin på mange forskere forskere, der kom foran ham. Selv gamle filosoffer kom med historier og ideer, der ville blive betragtet som grundlaget for evolutionen. Så hvorfor får Darwin kredit for at komme med Evolutionsteorien? Han var den første, der ikke kun offentliggjorde teorien, men bevisene og en mekanisme (naturlig udvælgelse) for, hvordan evolution sker. Det skal bemærkes, at Darwins oprindelige publikation om naturlig udvælgelse og evolution faktisk var et fælles papir med Alfred Russel Wallace, men efter samtale med geolog Charles Lyell, Darwin gik hurtigt bag Wallaces ryg for at skrive et abstrakt og udgive sit velsagteligt mest berømte værk Om arternes oprindelse.
Charles Darwins data og skrifter blev delt i 1858 på Linnaean Society of Londons årlige møde. Det var faktisk Charles Lyell, der samlet Darwins arbejde med Alfred Russel Wallaces offentliggjorte data og fik dem på dagsordenen for mødet. Ideen om evolution gennem naturlig udvælgelse blev mødt med en lunken modtagelse i bedste fald. Darwin havde ikke ønsket at udgive sit arbejde endnu, da han stadig sammensatte stykkerne for at fremkomme med et overbevisende argument. Et år senere offentliggjorde han
Om arternes oprindelse. Bogen, der var fyldt med bevis og postulering om, hvordan arter ændrer sig over tid, blev accepteret mere vidt end den originale offentliggørelse af ideerne. Han mødte dog stadig en vis modstand og ville fortsætte med at redigere bogen og tilføje flere beviser og ideer flere gange, indtil han døde i 1882.I modsætning til hvad man tror, var Charles Darwin ikke en ateist. Faktisk studerede han på et tidspunkt for at blive præst. Hans kone, Emma Wedgwood Darwin, var en hengiven kristen og var meget involveret i Church of England. Darwins fund ændrede dog troen gennem årene. I breve skrevet af Darwin ville han beskrive sig selv som ”agnostiker” i slutningen af sit liv. Meget af hans ændring i tro var faktisk forankret i hans datters lange, smertefulde sygdom og død, ikke nødvendigvis hans arbejde med evolution. Han troede, at religion eller tro var en vigtig del af den menneskelige eksistens og latterliggjorde eller forguder aldrig nogen, der ville tro. Han blev ofte citeret for at sige, at der var en mulighed for en slags højere magt, men han ikke længere fulgte kristendommen, og det gjorde ham ondt, at han ikke kunne tro på sine yndlingsbøger i Bibelen: Evangelierne. Den liberale unitariske kirke omfavnede faktisk Darwin og hans ideer med ros og begyndte at inkorporere evolutionens ideer i deres trossystem.
Denne misforståelse om Charles Darwin ser ud til at komme fra titlen på hans velsagtens mest berømte bog Om arternes oprindelse. Selvom titlen ser ud til at pege på en forklaring på, hvordan livet startede, er det ikke tilfældet. Darwin giver ikke nogen tanker om, hvordan livet startede på Jorden, da det var uden for hans data. I stedet lægger bogen op idéen om, hvordan arter ændrer sig over tid gennem naturlig udvælgelse. Selvom det antager, at alt liv på en eller anden måde er relateret til en fælles stamfar, forsøger Darwin ikke at forklare, hvordan den fælles stamfar blev til. Darwins teori om evolution var baseret på, hvad moderne videnskabsmænd ville overveje makroevolution og biologisk mangfoldighed end mikroevolution og livets byggesten.
Det var en kamp for Darwin at beslutte, om hans tanker skulle inkluderes eller ej menneskelig udvikling i hans publikationer. Han vidste, at de ville være kontroversielle, og selvom han havde nogle overfladiske beviser og en hel del intuition om emnet, gik han først fra at forklare, hvordan mennesker havde udviklet sig. Til sidst skrev han Nedstigningen af mennesket og forklarede hans hypotese om, hvordan mennesker udviklede sig. Han sagde dog aldrig, at mennesker udviklede sig fra aber, og denne erklæring viser en samlet misforståelse af evolutionsbegrebet. Mennesker er relateret til primater, som aber, på livets træ. Mennesker er dog ikke direkte efterkommere af aber eller aber og hører til en anden gren af slægtstræet. Det ville være mere nøjagtigt at sige, at mennesker og aber er fætre til at sætte det i velkendte termer.