I visse regioner, såsom det sydlige Indien, blev hinduistiske kongedømme fastholdt og endda skubbet mod det muslimske tidevand. Underkontinentet stod også over for invasioner af berømte centralasiatiske erobrere Genghis khan, der ikke var muslim, og Timur eller Tamerlane, der var.
Denne periode var en forløber for Mughal Era (1526-1857). Det Mughal Empire blev oprettet af Babur, en muslimsk prins oprindeligt fra Usbekistan. Specielt under senere Mughals Akbar den store, de muslimske kejsere og deres hinduistiske subjekter nåede til en hidtil uset forståelse og skabte en smuk og blomstrende multikulturel, multietnisk og religiøst forskelligartet stat.
I 1206, en tidligere Mamluk slave ved navn Qutbubuddin Aibak erobrede det nordlige Indien og grundlagde et kongerige. Han udnævnte sig til sultan fra Delhi. Aibak var en centralasiatisk turkisk taler, ligesom grundlæggere af tre af de næste fire Delhi-sultanater. I alt fem dynastier af muslimske sultaner styrede store dele af det nordlige Indien indtil 1526, hvor Babur fejede ned fra Afghanistan for at finde Mughal-dynastiet.
I 1221 flygtede sultanen Jalal ad-Din Mingburnu fra sin hovedstad i Samarkand, Usbekistan. Hans Khwarezmid-imperium var faldet til de fremrykkende hære af Genghis Khan, og hans far var dræbt, så den nye sultan flygtede syd og øst ind i Indien. Ved Indus-floden i det nuværende Pakistan fangede mongolerne Mingburnu og hans 50.000 resterende tropper. Den mongolske hær var kun 30.000 stærk, men den fastgjorde perserne mod flodbredden og decimerede dem. Det kan være let at synes synd på sultanen, men hans fars beslutning om at myrde mongolske udsendelser var den øjeblikkelige gnist modregne de mongolske erobringer i Centralasien og videre i første omgang.
Chola-dynastiet i det sydlige Indien havde en af de længste løber af ethvert dynasti i menneskets historie. Grundlagt et stykke tid i 300'erne fvt., Det varede indtil året 1250 CE. Der er ingen registrering af en eneste afgørende kamp; snarere voksede det nabolande Pandyan Empire ganske enkelt i styrke og indflydelse i en sådan grad, at det overskyggede og gradvist slukede den gamle Chola-politet. Disse hinduistiske kongeriger var langt nok syd til at undslippe indflydelsen fra muslimske erobrere, der kom ned fra Centralasien.
I 1290 faldt Mamluk-dynastiet i Delhi, og Khilji-dynastiet opstod i stedet for at blive den anden af de fem familier, der regerede over Delhi-sultanatet. Khilji-dynastiet ville kun hænge på magten indtil 1320.
I løbet af deres korte 30-årige regeringsperiode afværgte Khilji-dynastiet med succes en række indtrængen fra det mongolske imperium. Den sidste, afgørende kamp, der sluttede Mongols forsøg på at indtage Indien, var slaget ved Jalandhar i 1298, hvor Khilji-hæren slagtede omkring 20.000 mongoler og kørte de overlevende ud af Indien for godt.
I 1320 greb en ny familie af blandet turkisk og indisk blod kontrol over Sultanatet i Delhi, begyndende Tughlaq-dynastiets periode. Grundlagt af Ghazi Malik, udvidede Tughlaq-dynastiet sydpå Deccan-platået og erobrede det meste af det sydlige Indien for første gang. Disse territoriale gevinster varede dog ikke længe. I 1335 var Delhi-sultanatet skrumpet ned i sit vante område i det nordlige Indien.
Interessant nok tjente den berømte marokkanske rejsende Ibn Battuta som en Qadi eller islamisk dommer ved retten til Ghazi Malik, der havde taget tronens navn Ghyasuddin Tughlaq. Han var ikke positivt imponeret over den nye hersker over Indien og beklagede de forskellige torturer, der blev brugt imod folk, der ikke betalte skat, herunder at have rivet øjnene ud eller smeltet bly hælde deres struber. Ibn Battuta var især rystet over, at disse rædsler blev begået mod muslimer såvel som vantro.
Da Tughlaq-magten hurtigt forsvandt i det sydlige Indien, skyndte et nyt hinduistisk imperium at fylde magtvakuumet. Vijayanagara-imperiet ville regere i mere end tre hundrede år fra Karnataka. Det bragte hidtil uset enhed til det sydlige Indien, hovedsagelig baseret på hinduistisk solidaritet i lyset af den opfattede muslimske trussel mod nord.
Selv om Vijayanagara var i stand til at forene meget af det sydlige Indien, mistede de snart det frugtbare Deccan Plateau, der strækker sig over subkontinentets talje til et nyt muslimsk sultanat. Bahmani-sultanatet blev grundlagt af en turkisk oprør mod Tughlaqerne kaldet Ala-ud-Din Hassan Bahman Shah. Han kæmpede Deccan væk fra Vijayanagara, og hans sultanat forblev stærk i mere end et århundrede. I 1480'erne gik Bahmani-sultanatet imidlertid i en stejl tilbagegang. I 1512 var fem mindre sultanater brudt. Femten år senere var den centrale Bahmani-stat væk. I utallige slag og trefninger lykkedes det de små efterfølgerstater at afværge det totale nederlag af Vijayanagar Empire. Men i 1686, den hensynsløse kejser Aurengzeb af Mughals erobrede de sidste rester af Bahmani Sultanate.
Madurai-sultanatet, også kendt som Ma'bar-sultanatet, var en anden turkisk-styret region, der var løsnet fra Delhi-sultanatet. Baseret langt syd i Tamil Nadu varede Madurai-sultanatet kun 48 år, før det blev erobret af Vijayanagara Kingdom.
Det fjortende århundrede af den vestlige kalender sluttede i blod og kaos for Tughlaq-dynastiet i Delhi-sultanatet. Den blodtørstige erobrere Timur, også kendt som Tamerlane, invaderede det nordlige Indien og begyndte at erobre Tughlaqs byer en efter en. Borgere i de ramte byer blev massakreret, deres afskårne hoveder stablet i pyramider. I december 1398 tog Timur Delhi, plyndrede byen og slagtede dens indbyggere. Tughlaq'erne holdt fast ved magten indtil 1414, men deres hovedstad kom sig ikke tilbage fra Timur-terroren i mere end et århundrede.