En af de mest presserende udfordringer, som afrikanske stater stod over for uafhængighed, var deres mangel på infrastruktur. Europæiske imperialister stolte på at bringe civilisationen og udvikle Afrika, men de forlod deres tidligere kolonier med lidt i vejen for infrastruktur. Imperierne havde bygget veje og jernbaner - eller rettere sagt, de havde tvunget deres koloniale subjekter til at bygge dem - men disse var ikke beregnet til at bygge nationale infrastrukturer. Imperiale veje og jernbaner var næsten altid beregnet til at lette eksporten af råvarer. Mange, ligesom den ugandiske jernbane, løb lige til kystlinjen.
Disse nye lande manglede også produktionsinfrastrukturen for at tilføje værdien til deres råvarer. Rigt, da mange afrikanske lande var i kontante afgrøder og mineraler, kunne de ikke forarbejde disse varer selv. Deres økonomier var afhængige af handel, og dette gjorde dem sårbare. De var også låst i cykler med afhængighed af deres tidligere europæiske mestre. De havde opnået politiske, ikke økonomiske afhængigheder, og som Kwame Nkrumah - den første fyrste minister og præsident for Ghana - vidste, politisk uafhængighed uden økonomisk uafhængighed var meningsløs.
Energiafhængighed
Manglen på infrastruktur betød også, at afrikanske lande var afhængige af vestlige økonomier for meget af deres energi. Selv olierige lande havde ikke de raffinaderier, der var nødvendige for at omdanne deres råolie til benzin eller fyringsolie. Nogle ledere, som Kwame Nkrumah, forsøgte at afhjælpe dette ved at påtage sig store byggeprojekter, ligesom projektet om vandkraftsdammen Volta River. Dæmningen leverede meget tiltrængt elektricitet, men dens konstruktion satte Ghana stærkt i gæld. Bygningen krævede også flytning af titusinder af ghaner og bidrog til Nkrumahs faldende støtte i Ghana. I 1966 var Nkrumah styrtede.
Uerfaret lederskab
Ved uafhængighed var der flere præsidenter, som Jomo Kenyatta, havde flere årtier af politisk erfaring, men andre, ligesom Tanzanias Julius Nyerere, var gået ind i den politiske strid bare år før uafhængighed. Der var også en tydelig mangel på trænet og erfaren civilt lederskab. De nederste led i den koloniale regering var længe blevet bemandet med afrikanske subjekter, men de højere rækker var forbeholdt hvide embedsmænd. Overgangen til nationale officerer ved uafhængighed betød, at der var individer på alle niveauer af bureaukratiet med lidt foruddannelse. I nogle tilfælde førte dette til innovation, men de mange udfordringer, som afrikanske stater stod over for uafhængighed, blev ofte forstærket af manglen på erfarent lederskab.
Mangel på national identitet
Grænserne, hvor Afrikas nye lande blev efterladt, var dem, der blev trukket i Europa i løbet af Scramble for Africa uden hensyn til det etniske eller sociale landskab på jorden. Emnerne fra disse kolonier havde ofte mange identiteter, der trængte deres følelse af at være, for eksempel ghanesisk eller congolesisk. Kolonipolitikker, der privilegerede en gruppe over en anden eller tildelte jord og politiske rettigheder af "stamme", forværrede disse opdelinger. Det mest berømte tilfælde heraf var de belgiske politikker, der krystalliserede opdelingen mellem hutuer og tutsier i Rwanda, som førte til det tragiske folkemord i 1994.
Umiddelbart efter afkoloniseringen blev de nye afrikanske stater enige om en politik med ukrænkelige grænser, hvilket betyder, at de ikke ville prøve at tegne om Afrikas politiske kort, da det ville føre til kaos. Lederne for disse lande sad således med udfordringen med at forsøge at skabe en følelse af national identitet på et tidspunkt, hvor de, der søgte en andel i det nye land, ofte spillede mod enkeltpersoners regionale eller etniske loyaliteter.
Kold krig
Til sidst faldt dekolonisering sammen med den kolde krig, som udgjorde en anden udfordring for afrikanske stater. Skub og træk mellem De Forenede Stater og Unionen af sovjetiske socialistiske republikker (USSR) gjorde, at ikke-tilpasning a en vanskelig, hvis ikke umulig mulighed, og de ledere, der forsøgte at skære tredje vej, fandt generelt, at de skulle tage sider.
Kolde krigs politik gav også en mulighed for fraktioner, der forsøgte at udfordre de nye regeringer. I Angola førte den internationale støtte, som regeringen og oprørsfraktionerne modtog i den kolde krig, til en borgerkrig, der varede næsten tredive år.
Disse kombinerede udfordringer gjorde det vanskeligt at etablere stærke økonomier eller politisk stabilitet i Afrika og bidrog til omvæltningen, som mange (men ikke alle!) Stater stod overfor i slutningen af 60'erne og sidst af 90'erne.