Spanske erobrere nåede øerne på Filippinerne i 1521. De opkaldte landet efter Kong Filip II af Spanien i 1543 og pressede på for at kolonisere øgruppen på trods af sådanne tilbageslag som død i 1521 Ferdinand Magellan, dræbt i kamp af Lapu-Lapus tropper på Mactan Island.
Fra 1565 til 1821 styrede New Spanias Viceroyalty Filippinerne fra Mexico City. I 1821 blev Mexico uafhængig, og Spaniens regering i Madrid tog direkte kontrol over Filippinerne.
I perioden mellem 1821 og 1900 slog den filippinske nationalisme rod og voksede ud til en aktiv anti-imperial revolution. Da USA besejrede Spanien i Spansk-amerikansk krig i 1898 fik Filippinerne ikke sin uafhængighed, men blev i stedet en amerikansk besiddelse. Som et resultat ændrede geriljakrigen mod udenlandsk imperialisme simpelthen målet for dens raseri fra spansk styre til amerikansk styre.
Tre vigtige ledere inspirerede eller ledede den filippinske uafhængighedsbevægelse. De to første - Jose Rizal og Andres Bonifacio - ville give deres unge liv for årsagen. Den tredje, Emilio Aguinaldo, overlevede ikke kun at blive den første præsident for Filippinerne, men levede også ind i midten af 90'erne.
Jose Rizal var en strålende og flertalent mand. Han var en læge, en forfatter og grundlæggeren af La Liga, en fredelig antikolonial presgruppe, der mødtes kun en gang i 1892, før de spanske myndigheder arresterede Rizal.
Jose Rizal inspirerede sine tilhængere, inklusive den fyrige oprør Andres Bonifacio, der deltog i det eneste originale La Liga-møde og genoprettede gruppen efter Rizals arrestation. Bonifacio og to medarbejdere forsøgte også at redde Rizal fra et spansk skib i Manila Havn i sommeren 1896. I december blev den 35-årige Rizal imidlertid retssaget i en skræmmende militærdomstol og henrettet af en spansk skydehold.
Andres Bonifacio, fra en fattig familie i den lavere middelklasse i Manila, sluttede sig til Jose Rizal fredelig La Liga-gruppe, men troede også, at spanskerne måtte køres fra Filippinerne af kraft. Han grundlagde Katipunan-oprørergruppen, der erklærede uafhængighed fra Spanien i 1896 og omringede Manila med geriljakæmpere.
Bonifacio var medvirkende til at organisere og aktivere oppositionen mod det spanske styre. Han erklærede sig selv præsident for de nyligt uafhængige Filippinerne, skønt hans påstand ikke blev anerkendt af noget andet land. Faktisk udfordrede selv andre filippinske oprørere Bonifacios ret til formandskabet, da den unge leder ikke havde en universitetsgrad.
Bare et år efter, at Katipunan-bevægelsen begyndte sin oprør, blev Andres Bonifacio henrettet i en alder af 34 af en anden oprør, Emilio Aguinaldo.
Emilio Aguinaldos familie var relativt velhavende og havde politisk magt i byen Cavite, på en smal halvø, der går ud i Manila-bugten. Aguinaldos relativt privilegerede situation gav ham muligheden for at få en god uddannelse, ligesom Jose Rizal havde gjort.
Aguinaldo sluttede sig til Andres Bonifacios Katipunan-bevægelse i 1894 og blev general i Cavite-området, da der udbrød åben krig i 1896. Han havde bedre militær succes end Bonifacio og så ned på den selvudnævnte præsident for hans manglende uddannelse.
Denne spænding gik i spidsen, da Aguinaldo rigede valg og erklærede sig præsident i stedet for Bonifacio. Ved udgangen af samme år ville Aguinaldo have Bonifacio henrettet efter en retssag.
Aguinaldo gik i eksil i slutningen af 1897, efter at han havde overgivet sig til den spanske, men blev bragt tilbage til Filippinerne af amerikanske styrker i 1898 for at deltage i kampen, der fyrede Spanien efter næsten fire århundreder. Aguinaldo blev anerkendt som den første præsident for den uafhængige Republik Filippinerne, men var tvang tilbage til bjergene som oprørsleder igen, da den filippinsk-amerikanske krig brød ud i 1901.