Begrebet menneskerettigheder blev først udtrykt i verdenserklæringen om menneskerettigheder fra 1948, som etableret ”anerkendelse af den iboende værdighed og umistelige rettigheder for alle menneskers medlemmer familie."
Menneskerettighederne er relevante for terrorisme, hvad angår både dets ofre og dets gerningsmænd. De uskyldige ofre for terrorisme udsættes for et angreb på deres mest basale ret til at leve i fred og sikkerhed. De mistænkte gerningsmænd til angreb har også rettigheder som medmennesker i løbet af deres pågribelse og retsforfølgning. De har ret til ikke at blive udsat for tortur eller anden nedværdigende behandling, retten til at antages uskyldige, indtil de anses for skyldige i forbrydelsen og retten til offentlig retssag.
Det Al Qaeda angreb den 11. september, den efterfølgende erklæring om en "global krig mod terror" og den hurtige udvikling af strengere indsats mod terrorisme har bragt spørgsmålet om menneskerettigheder og terrorisme til høj lettelse. Dette gælder ikke kun i De Forenede Stater, men i en række lande, der har tilsluttet sig som partnere i en global koalition for at slå ned på terroraktiviteter.
Efter den 9. september fandt et antal lande, der rutinemæssigt krænker menneskerettighederne for politiske fanger eller dissidenter, stiltiende amerikansk sanktion for at udvide deres undertrykkende praksis. Listen over sådanne lande er lang og inkluderer Kina, Egypten, Pakistan og Uzbekistan.
Vestlige demokratier med lange poster over en væsentlig respekt for menneskerettighederne og institutionel kontrol med overdreven statsmagt udnyttede også 9/11 til at erodere kontrollen med statsmagten og undergrave mennesket rettigheder.
Bush-administrationen har som forfatteren af den "globale krig mod terror" taget betydelige skridt i denne retning. Australien, Storbritannien og europæiske lande har også fundet en fordel ved at begrænse dem borgerlige frihedsrettigheder for nogle borgere, og europæiske Union er blevet beskyldt af menneskerettighedsorganisationer for at lette gengivelsen - den ulovlige tilbageholdelse og transport af mistænkte terrorister til fængsler i tredjelande, og hvor deres tortur alt er undtaget garanteret.
Ifølge Human Rights Watch er listen over lande, der fandt det til fordel for at bruge forebyggelse af terrorisme, at "intensivere deres egen nedbrud på politiske modstandere, separatister og religiøse grupper, "eller for at" fremme unødvendigt restriktiv eller straffende politik mod flygtninge, asylansøgere og andre udlændinge "umiddelbart efter 9/11 angreb inkluderer: Australien, Hviderusland, Kina, Egypten, Eritrea, Indien, Israel, Jordan, Kirgisistan, Liberia, Makedonien, Malaysia, Rusland, Syrien, USA, Uzbekistan og Zimbabwe.
Menneskerettighedsgruppers og andres fokus på bevarelse af terror mistænkte menneskerettigheder kan muligvis synes skurrende, eller som om dette fokus kommer på bekostning af opmærksomheden på menneskerettighederne til terrorisme ofre. Menneskerettigheder kan dog ikke betragtes som et nul-sum-spil. Advokatprofessor Michael Tigar satte spørgsmålet veltalende, da han påpegede, at regeringer, fordi de er de mest magtfulde aktører, har den største kapacitet til uretfærdighed. På lang sigt er et insistering på, at alle stater prioriterer menneskerettigheder og retsforfølger illegitim vold, det bedste forsvar mod terrorisme. Som Tigar udtrykker det,