Det tog kun tretten dage for Ilkhanat-mongolerne og deres allierede for at bringe Guldalderen til islam ned. Øjenvidner rapporterede, at den mægtige Tigris-flod løb sort med blæk fra de dyrebare bøger og dokumenter, der blev ødelagt sammen med Grand Library of Baghdad, eller Bayt al-Hikmah. Ingen ved med sikkerhed, hvor mange borgere i landet Abbasid Empire døde; estimater spænder fra 90.000 til 200.000 op til 1.000.000. På to korte uger blev sædet for læring og kultur for hele den muslimske verden erobret og ødelagt.
Bagdad havde været en søvnig fiskerlandsby på Tigris, før den blev forfremmet til hovedstadens status af den store abbasidiske kalif al-Mansur i 762. Hans barnebarn, Harun al-Rashid, subsidierede videnskabsmænd, religiøse lærde, digtere og kunstnere, der strømmet til byen og gjorde den til en akademisk juvel fra den middelalderlige verden. De lærde og forfattere producerede utallige manuskripter og bøger mellem slutningen af det 8. århundrede og 1258. Disse bøger blev skrevet om en ny teknologi importeret fra Kina efter
Slaget ved Talas-floden, en teknologi kaldet papir. Snart var de fleste af befolkningen i Bagdad læse og læse godt.Mongoler forenes
Langt øst for Bagdad lykkedes det i mellemtiden en ung kriger ved navn Temujin at forene mongolerne og tog titlen Genghis khan. Det ville være hans barnebarn, Hulagu, der ville skubbe grænserne for det mongolske imperium ind i det, der nu er Irak og Syrien. Hulagus primære formål var at styrke hans greb om hjertet af Ilkhanatet i Persien. Han udslettede først den fanatiske shiitiske gruppe, der er kendt som the Assassinsved at ødelægge deres bjergtopets højborg i Persien og derefter marcherede sydpå for at kræve, at abbasiderne kapitulerede.
Kalifen Mustasim hørte rygter om mongolernes fremskridt, men var overbevist om, at hele den muslimske verden ville rejse sig for at forsvare sin hersker, hvis det skulle være nødvendigt. Den sunnimusiske kalif havde imidlertid for nylig fornærmet hans shiitiske undersåtter, og hans egen shiitiske store vizier, al-Alkamzi, har måske endda opfordret mongolerne til at angribe det dårligt ledede kalifat.
Sent i 1257 sendte Hulagu en besked til Mustasim med krav om, at han åbnede portene til Bagdad for mongolerne og deres kristne allierede fra Georgien. Mustasim svarede, at den mongolske leder skulle vende tilbage til, hvor han kom fra. Hulagus mægtige hær marcherede videre omkring den Abbasid hovedstad og slagtede kalifens hær, der gik ud for at møde dem.
Mongolernes angreb
Bagdad holdt ud i tolv dage mere, men det modsatte ikke mongolerne. Da byens mure faldt, skyndte hordene sig ind og indsamlede bjerge af sølv, guld og juveler. Hundrede tusinder af Bagdadere døde, slagtet af Hulagus tropper eller deres georgiske allierede. Bøger fra Bayt al-Hikmah eller House of Wisdom blev kastet i Tigris, angiveligt, så mange, at en hest kunne have gået over floden på dem.
Kalifens smukke palads af eksotiske skove blev brændt til jorden, og kalifen blev selv henrettet. Mongolerne troede, at spild af kongeblod kunne forårsage naturkatastrofer som jordskælv. Bare for at være sikker, pakket de Mustasim ind i et tæppe og red deres heste over ham og trampede ham ihjel.
Bagdads fald signaliserede afslutningen på det abbasidiske kalifat. Det var også højdepunktet i mongol erobring i Mellemøsten. Distraheret af deres egen dynastiske politik gjorde mongolerne et halvhjertigt forsøg på at erobre Egypten, men blev besejret ved Slaget ved Ayn Jalut i 1280. Det mongolske imperium ville ikke vokse længere i Mellemøsten.