Akvatiske samfund er verdens største vandhabitater. Synes godt om jordbiomerkan akvatiske samfund også opdeles på baggrund af fælles egenskaber. To almindelige betegnelser er ferskvands- og havsamfund.
Ferskvandssamfund
Floder og vandløb er vandmasser, der kontinuerligt bevæger sig i en enkelt retning. Begge er hurtigt skiftende samfund. Kilden til floden eller vandløbet adskiller sig normalt markant fra det punkt, hvor floden eller vandløbet tømmes. En række forskellige planter og dyr kan findes i disse ferskvandssamfund, herunder ørred, alger, cyanobakterier, svampe, og selvfølgelig forskellige fiskearter.
flodmundinger er de områder, hvor ferskvandsstrømme eller floder møder havet. Disse meget produktive regioner indeholder vidt forskellige planter og dyreliv. Floden eller vandløbet bærer normalt mange næringsstoffer fra indre kilder, hvilket gør flodmundinger, der er i stand til at understøtte denne rige mangfoldighed og høje produktivitet. Flodmundinger er fodrings- og yngleområder for en række forskellige dyr, herunder vandfugle, krybdyr, pattedyrog amfibier.
Søer og damme er stående vandmasser. Mange vandløb og floder ender i søer og damme. Planteplankton findes normalt i de øverste lag. Fordi lys kun optages til visse dybder, fotosyntese er kun almindelig i de øverste lag. Søer og damme understøtter også en række plante- og dyreliv, herunder små fisk, saltvandrejer, akvatiske insekter og adskillige plantearter.
Marine samfund
Oceans dækker ca. 70% af jordoverfladen. Havsamfund er vanskelige at opdele i forskellige typer, men kan klassificeres ud fra graden af lysindtrængning. Den enkleste klassificering består af to forskellige zoner: fotiske og aphotic zoner. Den fotiske zone er lyszonen eller -området fra overfladen af vandet til dybderne, hvor lysintensiteten kun er omkring 1 procent af det på overfladen. Fotosyntese forekommer i denne zone. Langt de fleste af livet i havet findes i den fotiske zone. Den apotiske zone er et område, der modtager lidt eller intet sollys. Miljøet i denne zone er ekstremt mørkt og koldt. Organismer, der lever i den apotiske zone, er ofte bioluminescerende eller er ekstremofile og dygtige til at leve i ekstreme miljøer. Som med de andre samfund lever en række organismer i havet. Nogle inkluderer svampe, svampe, søstjerne, havanemoner, fisk, krabber, dinoflagellater, grøn alger, havpattedyrog kæmpe tare.