Mongoliet er høj, kold og tør. Det har et ekstremt kontinentalt klima med lange, kolde vintre og korte somre, hvor de fleste nedbør falder. Landet gennemsnit 257 skyfrie dage om året, og det er normalt i midten af en region med højt atmosfærisk tryk. Udfældning er højest i nord, hvilket gennemsnit 20 til 35 centimeter om året, og lavest i syd, der modtager 10 til 20 centimeter (se fig. 5). Det ekstreme syd er Gobi, hvor nogle regioner ikke modtager nogen nedbør overhovedet i de fleste år. Navnet Gobi er en mongolsk, der betyder ørken, depression, salt myr eller steppe, men som normalt henviser til en kategori af tørt område med utilstrækkelig vegetation til at støtte marmots, men med nok til at støtte kameler. mongolerne skelne gobi fra ørkenen, selv om forskellen ikke altid er synlig for udenforstående, der ikke kender det mongolske landskab. Gobi-områdene er skrøbelige og ødelægges let ved overbegræsning, hvilket resulterer i udvidelse af den ægte ørken, et stenet affald, hvor ikke engang Bactriske kameler kan overleve.
Gennemsnitstemperaturer over det meste af landet er under frysepunktet fra november til marts og handler om frysning i april og oktober. Januar og februar gennemsnit på -20 ° C er almindelige, med vinteraftener på -40 ° C forekommer de fleste år. Sommerekstremer når op til 38 ° C i den sydlige Gobi-region og 33 ° C i Ulaanbaatar. Mere end halvdelen af landet er dækket af permafrost, hvilket vanskeliggør konstruktion, vejbygning og minedrift. Alle floder og ferskvandssøer fryser om vinteren, og mindre vandløb fryser ofte til bunden. Ulaanbaatar ligger 1.351 meter over havets overflade i dalen Tuul Gol, en flod. Beliggende i det relativt godt vandede nord, modtager det et årligt gennemsnit på 31 centimeter nedbør, næsten alle falder i juli og i august. Ulaanbaatar har en gennemsnitlig årlig temperatur på -2,9 ° C og en frostfri periode, der strækker sig i gennemsnit fra midten af juni til slutningen af august.
Mongoliets vejr er kendetegnet ved ekstrem variation og kortvarig uforudsigelighed om sommeren, og de flerårige gennemsnit skjuler store variationer i nedbør, datoer for frost, og forekomster af snestormer og forårstøvstorme. Sådant vejr udgør alvorlige udfordringer for overlevelse af mennesker og husdyr. Officielle statistikker viser mindre end 1 procent af landet som agerbar, 8 til 10 procent som skov, og resten som græsning eller ørken. Korn, for det meste hvede, dyrkes i dalene i Selenge-flodsystemet i nord, men giver udbytte svinger vidt og uforudsigeligt som et resultat af mængden og tidspunktet for regn og datoer for dræbe frost. Selvom vintre generelt er kolde og klare, er der lejlighedsvis snestorme der ikke afsætter meget sne, men dækker græsserne med tilstrækkelig sne og is til at gøre græsning umulig og dræbe titusinder af får eller kvæg. Sådanne husdyrtab, som er en uundgåelig og på en måde normal konsekvens af klimaet, har gjort det vanskeligt at opnå de planlagte stigninger i husdyrtallet.