TBE og TAE bruges som buffere i molekylærbiologi, primært til elektroforese af nukleinsyrer. Trisbuffere bruges under let basiske pH-betingelser, som til DNA-elektroforese, fordi dette holder DNA'et opløselig i opløsningen og afbeskyttet, så den tiltrækkes af den positive elektrode og migrerer gennem en gel. EDTA er en ingrediens i løsningen, fordi dette er almindeligt chelateringsmiddel beskytter nukleinsyrer mod nedbrydning med enzymer. EDTA chelaterer divalente kationer, der er cofaktorer for nukleaser, der kan kontaminere prøven. Da magnesiumkationen imidlertid er en cofaktor for DNA-polymerase og restriktionsenzymer, holdes koncentrationen af EDTA målrettet lav (ca. 1 mM koncentration).
Du behøver ikke at sterilisere opløsningen. Selvom nedbør kan forekomme efter et tidsrum, er stamopløsningen stadig brugbar. Du kan justere pH ved hjælp af et pH-meter og dråbevis tilsætning af koncentreret saltsyre (HCI). Det er fint at opbevare TBE-puffer ved stuetemperatur, selvom du måske ønsker at filtrere stamopløsningen gennem et 0,22 mikron filter for at fjerne partikel, der fremmer nedbør.
Brug af en 5X eller 10X lageropløsning ved et uheld giver dig dårlige resultater, fordi der vil blive genereret så meget varme. Udover at give dig en dårlig opløsning, kan prøven blive beskadiget.
Selvom TBE og TAE er almindelige elektroforesebuffere, er der andre muligheder til ledende opløsninger med lav molaritet, herunder lithiumboratbuffer og natriumboratbuffer. Problemet med TBE og TAE er, at Tris-baserede buffere begrænser det elektriske felt, der kan bruges i elektroforese, fordi for meget ladning medfører en løbende temperatur.