Katastrofale oversvømmelser på Yellow River skyllede væk afgrøder, druknede landsbyboere og ændrede flodens kurs, så den ikke længere mødte op med Grand Canal. De sultne overlevende fra disse katastrofer begyndte at tro, at deres etnisk-mongolske herskere, the Yuan-dynastiet, havde mistet Himlens mandat. Da de samme herskerne tvang 150.000 til 200.000 af deres Han-kinesiske subjekter til at forsøge at få en massiv arbejdskorve til at grave kanalen ud igen og slutte sig til floden, gjorde oprørerne oprør. Denne opstand, kaldet Røde Turban-oprør, signaliserede begyndelsen på slutningen for mongolsk styre over Kina.
Den første leder af de røde turbaner, Han Shantong, rekrutterede sine tilhængere fra tvangsarbejderne, der grave i kanalbedet i 1351. Han bedstefar havde været en sektleder for White Lotus-sekten, som gav de religiøse grunde til det røde Turban-oprør. Yuan-dynastiets myndigheder fangede og henrettede snart Han Shantong, men hans søn indtog sin plads i spidsen for oprøret. Begge Hans kunne spille på deres tilhængers sult, deres utilfredshed med at blive tvunget til at arbejde uden løn for regeringen og deres dybt siddende modvilje mod at blive styret af "barbarer" fra Mongoliet. I det nordlige Kina førte dette til en eksplosion af Red Turban's anti-regeringsaktivitet.
I mellemtiden begyndte i det sydlige Kina en anden Røde Turban-opstand under ledelse af Xu Shouhui. Det havde lignende klager og mål som dem i de nordlige røde turbaner, men de to var ikke koordineret på nogen måde.
Selvom bondesoldaterne oprindeligt identificerede sig med farven hvid (fra White Lotus Society) skiftede de snart til den meget heldigere farve rød. For at identificere sig, havde de røde pandebånd eller hong jin, der gav opstanden sit almindelige navn som "Røde Turban-oprør." Bevæbnet med provisoriske våben og redskaber til gården, de skulle ikke have været en reel trussel mod de mongolske ledede hære af centralregeringen, men Yuan-dynastiet var i oprør.
Oprindeligt var en dygtig kommandør kaldet Chief Councilor Toghto i stand til at sammensætte en effektiv styrke på 100.000 kejsersoldater for at nedlægge de nordlige Røde Turbaner. Han lykkedes i 1352 og dirigerede Han's hær. I 1354 gik de røde turbaner på offensiven igen og skar Grand Canal. Toghto samlede en styrke, der traditionelt var på 1 million, selvom det uden tvivl er en grov overdrivelse. Ligesom han begyndte at bevæge sig mod de røde turbaner, resulterede domstolsintrige i, at kejseren afskedigede Toghto. Hans rasende officerer og mange af soldaterne forlod i protest for hans fjernelse, og Yuan-domstolen var aldrig i stand til at finde en anden effektiv general til at lede den anti-røde Turban-indsats.
I slutningen af 1350'erne og begyndelsen af 1360'erne kæmpede de lokale ledere af de røde turbaner indbyrdes for kontrol med soldater og territorium. De brugte så meget energi på hinanden, at Yuan-regeringen blev efterladt i relativ fred i en tid. Det så ud som om oprøret måske kollapsede under vægten af forskellige krigsherrens ambition.
Han Shantongs søn døde dog i 1366; nogle historikere mener, at hans general, Zhu Yuanzhang, havde fået ham druknet. Selvom det tog yderligere to år, førte Zhu sin bondehær til at fange den mongolske hovedstad i Dadu (Beijing) i 1368. Yuan-dynastiet faldt, og Zhu etablerede en ny etnisk Han kinesisk dynastiet kaldet Ming.