Mange forbindelser renses ved krystallisation fra en vandig opløsning. Krystallen udelukker mange forurenende stoffer, men vand kan imidlertid passe ind i den krystallinske gitter uden at være kemisk bundet til kationen af forbindelsen. Påføring af varme kan fjerne dette vand, men processen skader typisk den krystallinske struktur. Dette er fint, hvis målet er at opnå en ren forbindelse. Det kan være uønsket, når der dyrkes krystaller til krystallografi eller andre formål.
Nogle gange kombineres de to former. For eksempel [Cu (H2O)4]SÅ4· H2O kan anvendes til at beskrive krystallisationsvandet af kobber (II) sulfat.
Vand er et lille, polært molekyle, der let inkorporeres i krystalgitter, men det er ikke det eneste opløsningsmiddel, der findes i krystaller. Faktisk forbliver de fleste opløsningsmidler i mere eller mindre grad i krystallen. Et almindeligt eksempel er benzen. For at minimere virkningen af et opløsningsmiddel forsøger kemikere typisk at fjerne så meget som muligt ved hjælp af vakuumekstraktion og kan opvarme en prøve for at fjerne resterende opløsningsmiddel. Røntgenkrystallografi kan ofte detektere opløsningsmiddel i en krystal.