Blandt de mange valg er disse fem pletter de mest almindelige, begyndende med ethidiumbromid, som er den mest anvendte. Når du arbejder med denne proces, er det vigtigt ikke kun at kende forskellene mellem pletterne, men de iboende sundhedsrisici.
Ethidiumbromid er sandsynligvis det mest kendte farvestof, der bruges til visualisering af DNA. Det kan bruges i gelblandingen, elektroforesebufferen eller til at plette gelen, når den er kørt.
Molekyler af farvestoffet klæber til DNA-strenge og fluorescerer under UV-lys, hvilket viser dig nøjagtigt, hvor båndene befinder sig inden i gelen. På trods af sin fordel er ulempen, at ethidiumbromid er et potentielt kræftfremkaldende stof, så det skal håndteres med stor omhu.
SYBR Guldfarve kan bruges til farvning af dobbelt- eller enkeltstrenget DNA eller til farvning af RNA. SYBR Guld ramte markedet som et af de første alternativer til ethidiumbromid og betragtes som mere følsomt.
Da fluorescens af det ubundne molekyle er så lavt, kræves destainering ikke. Licensindehaver Molecular Probes har også (siden lanceringen af SYBR Gold) udviklet og markedsført SYBR Safe og SYBR Green, som er sikrere alternativer til ethidiumbromid.
SYBR Green I og II pletter (igen, markedsført af Molecular Probes) er optimeret til forskellige formål. Fordi de binder sig til DNA, betragtes de stadig som mulige mutagener, og på grund af dette skal de håndteres med omhu.
SYBR Green I er mere følsom til brug med dobbeltstrenget DNA, mens SYBR Green II derimod er bedst til anvendelse med enkeltstrenget DNA eller RNA. Som den populære ethidiumbromidfarvning lysstoffer disse meget følsomme pletter under UV-lys.
Både SYBR Green I og II anbefales af fabrikanten, at de bruges sammen med "254 nm epi-illumination Polaroid 667 sort og hvid film og et SYBR-fotografisk filter med grøn gelbejds "til opnåelse af detektion af 100 pg RNA eller enkeltstrenget DNA pr. band.
SYBR Safe blev designet til at være et sikrere alternativ til Ethidium Bromide og andre SYBR-pletter. Det betragtes ikke som farligt affald og kan generelt bortskaffes gennem de almindelige kloaksystemer (dvs. ned i drænet), fordi toksicitetstest indikerer, at der ikke er nogen akut toksicitet.
Testning også angiver der er ringe eller ingen genotoksicitet på Syrian Hamster Embryo (SHE) celler, humane lymfocytter, muselymfomceller eller bemærket i AMES-testen. Pletten kan bruges med en blålys-transilluminator, der forårsager mindre skade på DNA'et, der visualiseres og giver bedre effektivitet til senere kloning.
Det er også et godt valg, hvis du bruger geler med lavt smeltepunkt til genvinding af DNA. Den er meget stabil ved høje temperaturer og har meget lav fluorescens alene, men er meget fluorescerende, når den er bundet til DNA. Eva Green har også vist sig at have meget lav eller ingen cytotoksicitet eller mutagenicitet.