Det anatomi af hjernen er kompleks på grund af dens komplicerede struktur og funktion. Dette fantastiske organ fungerer som et kontrolcenter ved at modtage, fortolke og dirigere sensorisk information i hele kroppen. Hjernen og rygrad er de to hovedstrukturer i centralnervesystemet. Der er tre hovedinddelinger i hjernen. De er forhjernen, mellemhovedet og baghjernen.
Det forhjernen er opdeling af hjernen der er ansvarlig for en række funktioner, herunder modtagelse og behandling af sensorisk information, tænkning, opfattelse, produktion og forståelse af sprog og kontrol af motorisk funktion. Der er to hovedinddelinger af forhjernen: diencephalon og telencephalon. Diencephalon indeholder strukturer som thalamus og hypothalamus der er ansvarlige for sådanne funktioner som motorstyring, videresendelse af sensorisk information og styring af autonome funktioner. Telencephalon indeholder den største del af hjernen, cerebrum. Det meste af den egentlige informationsbehandling i hjernen finder sted i hjernebark.
Det baghjerne strækker sig fra rygrad og er sammensat af metencephalon og myelencephalon. Metencephalon indeholder strukturer såsom pons og lillehjernen. Disse regioner hjælper med at opretholde balance og ligevægt, bevægelseskoordination og ledelse af sensorisk information. Myelencephalon er sammensat af medulla oblongata som er ansvarlig for at kontrollere sådanne autonome funktioner som vejrtrækning, hjerterytme og fordøjelse.