TAE-buffer er en opløsning, der består af Tris-base, eddikesyre og EDTA (Tris-acetat-EDTA). Det er historisk set den mest almindelige buffer, der bruges til agarosegel elektroforese i analyserne af DNA-produkter, der stammer fra PCR amplifikation, DNA rensningsprotokoller eller DNA-kloning eksperimenter.
Denne buffer har lav ionstyrke og lav bufferkapacitet. Det er bedst egnet til elektroforese af store (> 20 kilobaser) stykker DNA og skal udskiftes ofte eller recirkuleres i længere (> 4 timer) gelkørselstider. Med det i tankerne kan du overveje at lave flere batches af bufferen.
I betragtning af at bufferen er let at fremstille, og trinnene kan udføres hurtigt, bør det at gøre mere end en batch ad gangen ikke være særlig tidskrævende eller vanskeligt. Ved hjælp af instruktionerne herunder skal det tage kun 30 minutter at fremstille TAE-puffer.
Hvad du har brug for til TAE-bufferen
Da oprettelse af TAE-puffer kun kræver et hurtigt og enkelt sæt instruktioner, er antallet af materialer, der er nødvendigt til det, ikke for stort. Du har bare brug for EDTA (ethylendiaminetetraeddikesyre) dinatriumsalt, Tris-base og iseddike.
Fremstilling af bufferen kræver også et pH-meter og kalibreringsstandarder, alt efter hvad der er relevant. Du har også brug for 600 ml og 1500 ml bægerglas eller kolber samt graduerede cylindre. Endelig har du brug for deioniseret vand, omrørestænger og omrøringsplader.
I de følgende instruktioner formelvægt (hvert elements atommasse ganges med antallet af atomer, derefter tilsættes massen af hvert enkelt element) som FW.
Forbered en lageropløsning af EDTA
En EDTA-løsning forberedes på forhånd. EDTA går ikke helt i en opløsning, indtil pH-værdien er indstillet til ca. 8,0. For en 500 ml bestand opløsning af 0,5 M (molaritet eller koncentration) EDTA, vejer 93,05 gram EDTA-dinatriumsalt (FW = 372,2). Opløs det i 400 ml deioniseret vand, og juster pH med natriumhydroxid (NaOH). Fyld opløsningen til et slutvolumen på 500 ml.
Opret din lagerløsning
Lav en koncentreret (50x) stamopløsning af TAE ved at veje 242 gram Tris-base (FW = 121,14) og opløse den i cirka 750 ml deioniseret vand. Tilsæt forsigtigt 57,1 ml istid og 100 ml 0,5 M EDTA (pH 8,0).
Juster derefter opløsningen til et slutvolumen på 1 liter. Denne stamopløsning kan opbevares ved stuetemperatur. PH-værdien i denne puffer justeres ikke og bør være ca. 8,5.
Forbered en arbejdsopløsning af TAE-buffer
Arbejdsopløsningen af 1x TAE-buffer fremstilles ved simpelthen at fortynde stamopløsningen med 50x i deioniseret vand. Endelig opløst koncentration er 40 mM (millimolær) Tris-acetat og 1 mM EDTA. Pufferen er nu klar til brug ved kørsel af en agarosegel.
Afslutter
Kontroller opgørelsen, før du begynder at sikre dig, at du har alle ovenstående materialer til TAE-bufferen. Dit forsyningspersonale skal kunne fortælle dig, om de har alle de ting, du har brug for på lager. Du vil ikke ende med at gå glip af noget midt i proceduren.