En bakteriofag er en virus, der inficerer bakterier. bakteriofager, der først blev opdaget omkring 1915, har spillet en unik rolle i viral biologi. De er måske de bedst forståede vira, men på samme tid kan deres struktur være ekstraordinær kompleks. En bakteriofag er i det væsentlige en virus, der består af DNA eller RNA, der er indesluttet i en proteinshell. Proteinskallen eller kapsiden beskytter det virale genom. Nogle bakteriofager, som T4-bakteriofagen, der inficerer E coli, har også en proteinhale sammensat af fibre, der hjælper med at binde virussen til dens vært. Brugen af bakteriofager spillede en fremtrædende rolle i at belyse, at vira har to primære livscyklusser: den lytiske cyklus og den lysogene cyklus.
Vira, der dræber deres inficerede værtscelle, siges at være virulente. DNAet i denne type vira gengives gennem den lytiske cyklus. I denne cyklus fastgøres bakteriofagen til bakteriecellevæggen og injicerer dens DNA i værten. Det virale DNA gentager og leder konstruktionen og samlingen af mere viralt DNA og andre virale dele. Når de først er blevet samlet, fortsætter de nyligt producerede viraer med at stige i antal og bryde åbne eller lysere værtscellen. Lysis resulterer i ødelæggelse af værten. Hele cyklus kan afsluttes på 20 - 30 minutter afhængigt af forskellige faktorer, såsom temperatur. Fagreproduktion er meget hurtigere end typisk bakterieproduktion, så hele bakteriekolonier kan ødelægges meget hurtigt. Det
lytisk cyklus er også almindeligt i dyrevira.Tempererede vira er dem, der reproduceres uden at dræbe deres værtscelle. Tempererede vira gengiver sig gennem lysogen cyklus og gå ind i en sovende tilstand. I den lysogene cyklus indsættes det virale DNA i bakteriekromosomet gennem genetisk rekombination. Når det er indsat, er det virale genom kendt som en profage. Når værtsbakterien reproduceres, replikeres profagegenomet og overføres til hver bakterielle datterceller. En værtscelle, der bærer en profage, har potentialet til at lysere, derfor kaldes den en lysogen celle. Under stressede forhold eller andre triggere kan profeten skifte fra den lysogene cyklus til den lytiske cyklus til hurtig reproduktion af viruspartikler. Dette resulterer i lysering af bakteriecellen. Vira, der inficerer dyr, kan også reproducere sig gennem den lysogene cyklus. Herpesvirussen går for eksempel indledningsvis i den lytiske cyklus efter infektion og skifter derefter til den lysogene cyklus. Virussen går ind i en latent periode og kan opholde sig i nervesystemets væv i måneder eller år uden at blive virulent. Når viruset er udløst, går det i den lytiske cyklus og producerer nye vira.
Bakteriofager kan også udvise en livscyklus, der er lidt forskellig fra både de lytiske og lysogene cyklusser. I den pseudolysogene cyklus bliver det virale DNA ikke replikeret (som i den lytiske cyklus) eller indsat i bakteriegenomet (som i den lysogene cyklus). Denne cyklus forekommer typisk, når der ikke er nok næringsstoffer til rådighed til støtte bakterievækst. Det virale genom bliver kendt som en preprophage der ikke replikeres i bakteriecellen. Når næringsstofniveauer vender tilbage til en tilstrækkelig tilstand, kan præprofagen enten gå ind i den lytiske eller lysogene cyklus.