Den første tanke for mange, når de tænker på borgerkrigen, er af de massive hære, der kvadrer ud på steder som Shiloh eller Gettysburg. Ud over kampen om land var der en lige så vigtig kamp, der fandt sted på bølgerne. Unionens krigsskibe omkransede sydkysten og økonomisk kvalt Confederacy og fratog sine hære meget tiltrængt ammunition og forsyninger. For at imødegå dette udløste den lille konfødererede flåde en sværm af handelsfartøjer med målet om at skade nordlig handel og trække skibe væk fra kysten.
På begge sider blev der udviklet nye teknologier, inklusive de første jernklader og ubåde. Borgerkrigen var virkelig et centralt øjeblik i søfartskrig, da det signaliserede afslutningen af træsejlskibe, bekræftede dampkraft som et middel til fremdrift og gav anledning til pansrede, jernbelagte krigsskibe. Dette galleri giver en oversigt over nogle af de skibe, der blev brugt under krigen.
Lanceret i 1842, Cumberland blev oprindeligt bygget som en 50-kanons fregat. I 1855 blev skibet "razeet" ned til en krigslynge for at lade det bære marinens nyeste skalpistoler. Den 8. marts 1862
Cumberland blev nedsænket ved slaget ved Hampton Roads efter at have været rammet af den nye konfødererede jernklædte Virginia(Merrimack). Under slaget Cumberlandbesætningen så forskrækket ud, da deres skaller sprang ud fra siderne af det pansrede skib, mens konføderationerne sprang gennem deres egne. Sænkningen af Cumberland ved Virginia signaliserede afslutningen på al-sejl, træ krigsskibe i århundreder.Idriftsat i januar 1862 af James Eads & Co., USS Kairo var typisk for de jernbelagte pistolbåde, der blev ansat af den amerikanske flåde på de vestlige floder. Fremdrevet af et lukket padlehjul (bemærk den buede pukkel bag på stablerne), USS Kairo havde et lavt udkast, der gjorde det muligt at manøvrere effektivt under de skiftende forhold i Mississippi-flodsystemet. Efter at have deltaget i angreb på Fort Pillow og hjulpet til nederlag af konfødererede pistolbåde fra Memphis, Kairo deltog i Vicksburg-kampagne. Den 12. december 1862 ramte skibet en mine i nærheden af Haines Bluff, MS og sank på tolv minutter. KairoResterne blev hævet i 1964 og vises i øjeblikket i Vicksburg National Military Park.
Bygget i Liverpool, England under navnet Oreto, CSS Florida blev indgået i konføderationstjeneste den 17. august 1863 med lt. John N. Maffitt i kommando. I løbet af de første otte måneder af 1863 Florida terroriseret EU-skibsfart i Atlanterhavet og Caribien med 22 præmier. Florida fortsatte derefter til Brest, Frankrig, hvor det gennemgik en lang genopbygning. Han satte søen tilbage i februar 1864, med lt. Charles Morris som kommandant, og fangeren fanger 11 yderligere EU-skibe, før de nåede til Bahia, Brasilien. Mens du er i Bahia, Florida blev angrebet, fanget og bugseret til søs af USS Wachusett mens Morris og det meste af besætningen var i land. Selvom indfangningen fandt sted i en neutral havn og protester blev foretaget, blev der aldrig taget noget imod Wachusettkaptajn, kommandant Napoleon Collins. Den november, Florida sank nær Hampton Roads, VA, efter at han ved et uheld blev rammet af en transport. Alt i alt erobrede raideren 37 skibe, kun anden CSS Alabama.
Borgerkrigen bragte en række designs til nedsænkede krigsskibe. Oprettet af Horace L. Hunley, James McClintock og Baxter Wilson, the undervandsbådH.L. Hunley blev bygget privat af firmaet Parks & Lyons i Mobile, AL. Cirka 40 meter lang, H.L. Hunley sejlede med en besætning på otte og blev drevet af en håndkrænket propell. Kort efter afsluttet test, H.L. Hunley blev ført til Charleston, SC til brug mod Unionens blokade. Under forsøg i Charleston-havnen faldt ubåden to gange og dræbte fem af dens besætning første gang, og otte, inklusive Horace Hunley, den anden. Natten den 17. februar 1864 sejrede lt George Dixon H.L. Hunley ud af Charleston for at angribe USS Housatonic. Dykning, da de nærmede sig skibet, besætningen på H.L. Hunley med succes fastgjort og detoneret ubådens sparetorpedo (en eksplosiv ladning ved enden af det lange spyd). Detonationen sank Housatonic, hvilket gør det til det første nogensinde offer for et ubådangreb. Trods dens succes, H.L. Hunley gik tabt til søs ved forsøg på at vende tilbage til havnen. Vraget af ubåden blev placeret i 1995 og hævet fem år senere. Det gennemgår i øjeblikket konserveringsbehandling i Charleston.
Idriftsat i januar 1862, USS Miami var typisk for "dobbelt-ender" pistolbåde brugt af den amerikanske flåde til blokaden af sydkysten. Typen fik deres navn på grund af formen på deres skrog, som gjorde det muligt for dem at rejse med lige store hastigheder fremad eller bagud. Denne funktion øgede deres manøvrerbarhed, som sammen med deres lavvandede træk gjorde dem ideelle til drift på land midt i konføderationens lyde og stimevande. Miami tilbragte det meste af krigen stationeret i North Carolina-lyde og så handling mod de konfødererede ironclad Albemarle i april 1864.
Med succes fra USS Overvågeden amerikanske flåde forsøgte at producere flere skibe med lignende design. Forbedring af originalen, monitorerne på Passiac-klasse inkluderede forbedrede funktioner såsom et pansret pilothus. Idriftsat i februar 1863, USS Nantucketblev sendt til Charleston, hvor det deltog i angreb mod havnefortene. På trods af forbedringerne i design, Nantucket og den anden Passiac-klasseskærme var dårlige søbåde og tilbøjelige til den samme type sumpning, som sank USS Overvåge. Som et resultat begrænsede marinen sine operationer til kystfarvande.
Skønt konstruktionen begyndte i 1862, CSS Tennessee blev ikke afsluttet før 1864 på grund af mangel på materialer. Tennessee, ligesom de fleste konfødererede ironclads, indeholdt en stor, pansret kabinet til dens kanoner kendt som et kasemat. Denne designfunktion blev først brugt på CSS Virginia i 1862. Baseret på Mobile, Tennessee engageret admiral David G. Farraguts unionsflåde ved Slaget ved Mobile Bay den 5. august 1864. Mod overvældende odds, Tennessee kæmpede modigt, indtil de blev slået under underkastelse og tvunget til at overgive sig.
en Iroquois-skrueslynge, USS Wachusett var typisk for de skibe, der blev brugt af Union Navy til offshore-blokering og opsamling af konfødererede handelsfartøjer. Idriftsat i marts 1862, Wachusett oprindeligt tjente med det nordatlantiske blokade-skvadron, før det blev overført til speciel "Flying Squadron." Denne organisation fik til opgave at spore og synke Confederate Raiders. I februar 1864 blev skibet beordret Bahia, Brasilien med ordrer om at beskytte amerikansk handel i området. Den oktober, Wachusett mødte raider CSS Florida i Bahia havn. Skønt teknisk i neutrale farvande, Wachusettkaptajn, kommandant Napoleon Collins, beordrede et angreb. Catching Florida overraskende, mænd fra Wachusett fangede hurtigt skibet. Efter en kort gentegning Wachusett modtog ordrer om at sejle til Fjernøsten for at hjælpe i jakten på CSS Shenandoah. Det var undervejs, da nyheden blev modtaget om, at krigen var slut.
Et af de mest berømte skibe fra borgerkrigen, USS Hartford Tjente som Admiral David G. Farragut's flagskib under konfliktens varighed. I 1862 Hartford førte en EU-flåde forbi fortene, der bevogtede New Orleans og hjalp til fange byen. For det næste år koordinerede Farragut med EU-styrkerne for at hjælpe med at fange de konfødererede fæstninger i Vicksburg og Port Hudson. I 1864 flyttede Farragut sit fokus til at dæmpe havnen i Mobile. Den 5. august 1864, Farragut og Hartford deltog i Slaget ved Mobile Bay, vandt en enorm sejr og åbnede byen for at fange af unionsstyrker. Hartford forblev i flåden indtil 1956, da den blev afmonteret efter synk ved sin kaj.