Margaret Beaufort's lange anstrengelser for at fremme hendes søns rækkefølge blev rig belønnet, følelsesmæssigt og materielt. Henry VII, da han besejrede Richard III og blev konge, havde selv kronet den 30. oktober 1485. Hans mor, nu 42 år gammel, græd angiveligt ved kroningen. Hun blev fra dette punkt omtalt i retten som "Min frue, kongens mor."
Henry Tudors ægteskab med Elizabeth af York ville betyde, at hans børns ret til kronen ville være mere sikker, men han ville sikre sig, at hans egen påstand var klar. Da hans påstand gennem arv var temmelig tynd, og tanken om en dronning, der herskede i sin egen ret, kunne bringe billeder af borgerkrigen i MatildaSin tid hævdede Henry kronen ved ret til kampsejr, ikke hans ægteskab med Elizabeth eller hans slægtsforskning. Han forstærkede dette ved at gifte sig med Elizabeth af York, som han offentligt havde lovet at gøre i december 1483.
Henry Tudor giftede sig med Elizabeth af York den 18. januar 1486. Han fik også parlamentet til at ophæve den handling, der under Richard III havde erklæret Elizabeth illegitim. (Dette betyder sandsynligvis, at han vidste, at hendes brødre, prinserne i tårnet, som ville have en stærkere påstand om krone end Henry, var død.) Deres første søn, Arthur, blev født næsten nøjagtigt ni måneder senere, den 19. september, 1486. Elizabeth blev kronet som dronningskonsort det næste år.
Uafhængig kvinde, rådgiver for kongen
Henry kom til kongedømme efter flere års eksil uden for England uden særlig erfaring med administrationen af en regering. Margaret Beaufort havde rådgivet ham i eksil, og nu var hun en nær rådgiver for ham som konge. Vi ved fra hans breve, at han konsulterede hendes retlige anliggender og kirkeudnævnelser.
Det samme parlament i 1485, der ophævede Elizabeth af Yorks ulovlighed erklærede også Margaret Beaufort til femme sål - i modsætning til a femme skjulteller en kone. Stadig gift med Stanley gav denne status hende en uafhængighed, som få kvinder og færre hustruer havde under loven. Det gav hende fuldstændig uafhængighed og kontrol over hendes egne lande og økonomi. Hendes søn tildelte hende også over nogle år betydeligt flere lande, der var under hendes uafhængige kontrol. Disse ville naturligvis vende tilbage til Henry eller hans arvinger ved hendes død, da hun ikke havde andre børn.
På trods af at hun aldrig havde været dronning, blev Margaret Beaufort behandlet ved retten med status som a dronning mor eller dowager dronning. Efter 1499 vedtog hun underskriften "Margaret R", som kan betegne "dronning" (eller muligvis betegne "Richmond"). Dronning Elizabeth, hendes svigerdatter, overrakte hende, men Margaret gik tæt bag Elizabeth og undertiden klædt i lignende klæder. Hendes husstand var luksuriøs og den største i England efter hendes søn. Hun er måske grevinde af Richmond og Derby, men hun handlede som dronningens ligestillede eller næsten lig.
Elizabeth Woodville trak sig tilbage fra retten i 1487, og det antages, at Margaret Beaufort muligvis har indledt hendes afgang. Margaret Beaufort havde tilsyn med den kongelige børnehave og endda over procedurerne for dronningens liggende. Hun fik tilsyn med den unge hertug af Buckingham, Edward Stafford, søn af hendes afdøde allierede (og hendes afdøde manns nevø), Henry Stafford, hvis titel blev gendannet af Henry VII. (Henry Stafford, dømt for forræderi under Richard III, havde fået titlen fra ham).
Involveringer i religion, familie, ejendom
I hendes senere år blev Margaret Beaufort kendt for både hensynsløshed ved at forsvare og udvide hendes jord og ejendom og for ansvarligt tilsyn med hendes lande og forbedre dem for hendes lejere. Hun gav gavmildt til religiøse institutioner og især for at støtte uddannelsen af præster ved Cambridge.
Margaret nedladtede udgiveren William Caxton og bestilte mange bøger, nogle til at distribuere til hendes husstand. Hun købte både romanser og religiøse tekster fra Caxton.
I 1497 blev præsten John Fisher hendes personlige bekender og ven. Han begyndte at stige i prominens og magt på Cambridge University med Kongens mors støtte.
Hun skulle have haft aftale med sin mand i 1499 om at tage et løfte om kyskhed, og hun boede ofte adskilt fra ham efter det. Fra 1499 til 1506 boede Margaret på en herregård i Collyweston, Northamptonshire, hvilket forbedrede det, så det fungerede som et palads.
Når ægteskabet med Catherine af Aragon blev arrangeret for Margarets ældste barnebarn, Arthur, Margaret Beaufort blev tildelt Elizabeth of York til at vælge de kvinder, der ville tjene Catherine. Margaret opfordrede også til, at Catherine lærte fransk, før hun kom til England, så hun kunne kommunikere med sin nye familie.
Arthur giftede sig med Catherine i 1501, og derefter døde Arthur det næste år, hvor hans yngre bror Henry derefter blev arving. Også i 1502 gav Margaret et tilskud til Cambridge for at oprette Lady Margaret Professor of Divinity, og John Fisher blev den første til at besætte stolen. Da Henry VII udnævnte John Fisher til biskop af Rochester, var Margaret Beaufort medvirkende til at vælge Erasmus som sin efterfølger i Lady Margaret-professoratet.
Elizabeth af York døde året efter, efter at hun fødte sit sidste barn (som ikke overlevede længe), måske i et forgæves forsøg på at få en anden mandlig arving. Selvom Henry VII talte om at finde en anden kone, handlede han ikke på det og sørgede virkelig over tab af sin kone, som han havde haft et tilfredsstillende ægteskab med, selvom det oprindeligt var for politisk grunde.
Henry VIIs ældre datter, Margaret Tudor, blev opkaldt efter sin bedstemor, og i 1503 bragte Henry sin datter til sin mors herregård sammen med hele kongsgården. Derefter vendte han hjem med det meste af retten, mens Margaret Tudor fortsatte til Skotland for at gifte sig med James IV.
I 1504 døde Margarets mand, Lord Stanley. Hun brugte mere af sin tid til bøn og religiøs overholdelse. Hun tilhørte fem religiøse huse, skønt hun fortsatte med at bo i sin egen private bolig.
John Fisher blev kansler i Cambridge, og Margaret begyndte at give gaverne, der ville etablere det genoprettede Christ's College, under kongens charter.
De sidste år
Før hendes død muliggjorde Margaret gennem sin støtte omdannelsen af et skandale-riddende klosterhus til St. John's College i Cambridge. Hendes vil sørge for fortsat støtte til dette projekt.
Hun begyndte at planlægge omkring sin slutning af livet. I 1506 bestilte hun en grav for sig selv og bragte renæssance-billedhugger Pietro Torrigiano til England for at arbejde på den. Hun forberedte sin endelige testamente i januar 1509.
I april 1509 døde Henry VII. Margaret Beaufort kom til London og arrangerede sin søns begravelse, hvor hun fik forrang for alle de andre kongelige kvinder. Hendes søn havde udnævnt hende til hans hovedbødel i sin testamente.
Margaret var med til at arrangere og var til stede ved kroning af hendes barnebarn, Henry VIII, og hans nye brud, Catherine af Aragon, den 24. juni 1509. Margarets kamp med hendes helbred kan være blevet forværret af aktiviteten omkring begravelsen og kroningen, og hun døde den 29. juni 1509. John Fisher holdt prædikenen ved hendes rekviemasse.
Stort set på grund af Margarets bestræbelser, ville Tudors styre England indtil 1603, efterfulgt af Stuarts, efterkommere af hendes barnebarn Margaret Tudor.