Sandene i Sahara-ørkenen kunne have været en stor hindring for samhandelen mellem Afrika, Europa og Østen, men det var mere som et sandhav med handelshavne på begge sider. I syd var byer som Timbuktu og Gao; i nord byer som Ghadames (i nutidens Libyen). Derfra rejste varer til Europa, Arabien, Indien og Kina.
Muslimske forhandlere fra Nordafrika sendte varer over Sahara ved hjælp af store kamelkaravaner - i gennemsnit ca. 1.000 kameler, selvom der er en rekord, der nævner campingvogne, der rejste mellem Egypten og Sudan, der havde 12.000 kameler. Berbers fra Nordafrika dominerede først kameler omkring 300 år CE.
Kamelen var det vigtigste element i campingvognen, fordi de kan overleve i lange perioder uden vand. De kan også tolerere ørkenens intense varme i løbet af dagen og koldt om natten. Kameler har en dobbelt række øjenvipper, der beskytter deres øjne mod sand og sol. De er også i stand til at lukke næseborene for at holde sandet ude. Uden et dyr, der er meget tilpasset til at rejse, ville handel over Sahara have været næsten umulig.
De indbragte hovedsageligt luksusvarer såsom tekstiler, silke, perler, keramik, prydvåben og redskaber. Disse blev handlet med guld, elfenben, træ som ebenholts og landbrugsprodukter såsom kolanødder (et stimulerende middel, da de indeholder koffein). De bragte også deres religion, islam, der spredte sig langs handelsruterne.
Nomader, der boede i Sahara, handlede med salt, kød og deres viden som guider til klud, guld, korn og slaver.
Indtil opdagelsen af Amerika var Mali den største producent af guld. Afrikansk elfenben var også efterspurgt, fordi den er blødere end den fra indiske elefanter og derfor lettere at udskære. Slaver blev efterspurgt af domstole for arabiske og berberiske fyrster som tjenere, konkubiner, soldater og landbrugsarbejdere.
Sonni Ali, herskeren over Songhai Empire, som lå øst for langs kurven ved Niger-floden, erobrede Mali i 1462. Han begyndte at udvikle både sin egen hovedstad: Gao og de vigtigste centre i Mali, Timbuktu og Jenne blev store byer, der kontrollerede en stor handel i regionen. Havnebyer udviklede sig langs kysten af Nordafrika inklusive Marrakesh, Tunis og Kairo. Et andet markant handelscenter var byen Adulis ved Røde Hav.