Af alle krybdyr, der lever i dag, er krokodiller muligvis de mindst ændrede fra deres forhistoriske forfædre Kridt periode for over 65 millioner år siden - selvom de endnu tidligere krokodiller af Trias og Jurassic perioder sportede nogle tydeligt un-krokodille-lignende funktioner, såsom bipedale holdninger og vegetariske diæter.
Sammen med pterosaurs og dinosaurier, krokodiller var en udskyder af archosaurs, de "herskende firben" fra den tidlige til den midterste triasperiode; unødvendigt at sige, at de tidligste dinosaurier og de tidligste krokodiller lignede hinanden meget mere end begge lignede de første pterosaurier, som også udviklede sig fra arkosaurer. Hvad adskiller de første krokodiller fra første dinosaurer var formen og muskulaturen på deres kæber, som havde en tendens til at være meget mere dødbringende, såvel som deres relativt spredte lemmer - i modsætning til de lige, "indelåste" ben af theropod-dinosaurier. Det var kun langt ind i den mesozoiske æra, at krokodiller udviklede de tre vigtigste træk, som de er knyttet til i dag: stubbe ben, slanke, pansrede kroppe og marine livsstil.
Første krokodiller i triasperioden
Før de første ægte krokodiller dukkede op på den forhistoriske scene, var der fytosaurerne (plantens firben): arkosaurer der så ud meget ligesom krokodiller, bortset fra at deres næsebor var placeret på toppen af deres hoveder snarere end spidserne af deres snuder. Man gætte måske fra deres navn, at fytosaurer var vegetarer, men faktisk reptiler disse krybdyr var på fisk og marine organismer i ferskvandssøer og floder over hele verden. Blandt de mest bemærkelsesværdige fytosaurer var Rutiodon og Mystriosuchus.
Mærkeligt nok, bortset fra den karakteristiske placering af deres næsebor, lignede fytosaurier mere som moderne krokodiller end de første rigtige krokodiller gjorde. De tidligste krokodiller var små, jordiske, tobenede sprintere, og nogle af dem var endda vegetarer (formodentlig fordi deres dinosaur-kusiner var bedre tilpasset til jagt på levende byttedyr). Erpetosuchus og Doswellia er to førende kandidater til ære for "første krokodille", skønt de nøjagtige evolutionære forhold mellem disse tidlige arkosaurer stadig er usikre. Et andet sandsynligt valg er den omklassificerede Xilousuchus, fra det tidlige Triassic Asia, en sejlet archosaur med nogle forskellige krokodiliske egenskaber.
Uanset hvad det er, er det vigtigt at forstå, hvor forvirrende fakta på jorden var i den midterste til sene triasperiode. Den del af superkontinentet Pangea, der svarer til det moderne Sydamerika, kravlede med dinosaurlignende krokodiller, krokodillignende dinosaurer og (formodentlig) tidlige pterosaurer der lignede både krokodiller og dinosaurer. Det var først i starten af juraperioden, at dinosaurier begyndte at udvikle sig ad en markant sti fra deres krokodille-fætre og langsomt etablerede deres verdensomspændende dominans. Hvis du gik tilbage i tiden for 220 millioner år siden og blev slugt hel, kunne du sandsynligvis ikke mærke din nemesis som en krokodille eller en dinosaur.
Krokodiller fra Mesozoic og Cenozoic Eras
Ved starten af Jurassic periode (for ca. 200 millioner år siden) havde krokodiller for det meste forladt deres landlige livsstil, sandsynligvis som et svar på den jordiske dominans opnået af dinosaurier. Dette er, når vi begynder at se de marine tilpasninger, der kendetegner moderne krokodiller og alligatorer: lange kroppe, spredte lemmer og smalle, flade, tandstikkede snutter med kraftige kæber (en nødvendig innovation, da krokodiller festede på dinosaurier og andre dyr, der vågede sig for tæt på vand). Der var dog stadig plads til innovation. For eksempel mener paleontologer det Stomatosuchus levede på plankton og krill, som en moderne gråhval.
For omkring 100 millioner år siden, mod midten af kridttiden, var nogle sydamerikanske krokodiller begyndt at efterligne deres dinosaurfætter ved at udvikle sig til enorme størrelser. Kongen af kridkrokodillerne var den enorme Sarcosuchus, kaldet "SuperCroc" af medierne, som målte ca. 40 meter lang fra hoved til hale og vejes i nærheden af 10 ton. Og lad os ikke glemme det lidt mindre Deinosuchus, "deino" i sit navn, der betegner det samme koncept som "dino" i dinosaurier: "forfærdeligt" eller "bange". Disse gigantiske krokodiller levede sandsynligvis på lige så gigantiske slanger og skildpadder - det sydamerikanske økosystem i det store og hele med en uhyggelig lighed med Skull Island fra filmen, "King Kong."
En måde, hvorpå forhistoriske krokodiller faktisk var mere imponerende end deres jordiske slægtninge, var deres evne som gruppe til at overleve K-T-udryddelsesbegivenhed der udslettede dinosaurerne fra jordens overflade for 65 millioner år siden. Hvorfor dette er tilfældet, forbliver en mysterium, selvom det kan være en vigtig ledetråd, at ingen krokodiller i plus-størrelse overlevede meteorpåvirkningen. Dagens krokodiller er lidt ændret fra deres forhistoriske forfædre, hvilket fortæller, at disse krybdyr var og forbliver yderst godt tilpasset deres miljø.