Det tidligste menneskelige forfædre menes at være kommet fra kontinentet i Afrika. Som primater tilpasset og derefter forgrenet sig til mange forskellige arter på livets træ, afstamningen, der til sidst blev vores moderne menneske, dukkede op. Da ækvator skærer direkte gennem kontinentet i Afrika, modtager landene der næsten direkte sollys hele året rundt. Dette direkte sollys med ultraviolette stråler og de varme temperaturer, det bringer pres for naturlig selektion af mørk hudfarve. Pigmenter som melanin i huden beskytter mod disse skadelige solstråler. Dette holdt individer med mørkere hud i live længere, og de ville reproducere og videregive de mørkhudede gener til deres afkom.
Genetisk basis for øjenfarve
Det vigtigste gen, der kontrollerer øjenfarve, er relativt tæt knyttet til de gener, der forårsager hudfarve. Det antages, at de gamle menneskelige forfædre alle havde mørkebrune eller næsten sorte farvede øjne og meget mørkt hår (som også kontrolleres af koblede gener til øjenfarve og hudfarve). Selvom brune øjne stadig betragtes som overvejende dominerende generelle øjenfarver, er der adskillige forskellige øjenfarver let set nu i den globale befolkning af mennesker. Så hvor kom alle disse øjenfarver fra?
Mens der stadig indsamles bevismateriale, er de fleste forskere enige om, at den naturlige markering af de lysere øjenfarver er forbundet med afslapningen af markeringen for de mørkere hudfarver. Da menneskelige forfædre begyndte at migrere til forskellige steder i verden, var presset for valg af mørk hudfarve ikke så intens. Især unødvendig for menneskelige forfædre, der bosatte sig i det, der nu er de vesteuropæiske nationer, var valg for mørk hud og mørke øjne ikke længere nødvendigt for at overleve. Disse meget højere breddegrader gav forskellige årstider og intet direkte sollys som i nærheden af ækvator på Afrikas kontinent. Da selektionstrykket ikke længere var så intens, var det mere tilbøjeligt til gener mutere.
Øjenfarve er lidt kompleks, når man taler om genetik. Farven på menneskelige øjne dikteres ikke af et enkelt gen som mange af de andre træk. Det betragtes i stedet for en polygen egenskab, hvilket betyder, at der er flere forskellige gener på forskellige kromosomer, der bærer information om, hvilken øjenfarve et individ skal have. Disse gener blandes, når de udtrykkes, sammen for at fremstille forskellige nuancer i forskellige farver. Afslappet valg for mørk øjenfarve gjorde det også muligt for flere mutationer at få fat. Dette skabte endnu flere alleller, der var tilgængelige til at kombinere sammen i genpoolen for at skabe forskellige øjenfarver.
Personer, der kan spore deres forfædre til vesteuropæiske lande, har generelt en lysere hudfarve og lettere øjenfarve end dem fra andre dele af verden. Nogle af disse individer har også vist dele af deres DNA, der meget lignede dem fra det længeuddøde Neanderthal afstamning. Neanderthaler blev antaget at have lettere hår- og øjenfarver end deres Homo sapien fætre.
Fortsættelsen af evolutionen
Nye øjenfarver kan muligvis fortsætte med at udvikle sig, efterhånden som mutationer opbygges over tid. Når individer med forskellige nuancer af øjenfarver opdrætter hinanden, kan blandingen af disse polygene træk også resultere i fremkomsten af nye nuancer af øjenfarve. Seksuel udvælgelse kan også forklare nogle af de forskellige øjenfarver, der er dukket op over tid. Parring hos mennesker har en tendens til at være ikke-tilfældig, og som en art er vi i stand til at vælge vores kammerater baseret på ønskelige egenskaber. Nogle personer finder måske en øjenfarve meget mere tiltalende over en anden og vælger en kammerat med den øjnefarve. Derefter overføres disse gener til deres afkom og er fortsat tilgængelige i genpoolen.