Mikroevolution er baseret på ændringerne på et molekylært niveau, der får arter til at ændre sig over tid. Disse ændringer kan være mutationer i DNA, eller det kan være fejl, der sker i løbet af mitose eller meiose i forhold til kromosomer. Hvis kromosomerne ikke er opdelt korrekt, kan der være mutationer, der påvirker hele genetisk sammensætning af cellerne.
Under mitose og meiose kommer spindlen ud af centriolerne og fastgøres til kromosomerne i centromeren under det stadium, der kaldes metafase. Den næste fase, anafase, finder søsterchromatiderne, der holdes sammen af centromeren trukket fra hinanden til modsatte ender af cellen ved spindlen. Til sidst ender disse søsterchromatider, som er genetisk identiske med hinanden, i forskellige celler.
Da søsterchromatider er nøjagtige kopier af hinanden, hvis de ikke opdeles i midten, duplikeres nogle gener på kromosomet. Når søsterchromatiderne trækkes ind i forskellige celler, producerer cellen med de duplicerede gener flere proteiner og overudtrykker egenskaben. Det andet gamet, der ikke har dette gen, kan være dødeligt.
Hvis der foretages en fejl under meiose, der får en del af et kromosom til at gå i stykker og gå tabt, kaldes dette en sletning. Hvis deletionen forekommer inden for et gen, der er vigtigt for overlevelse af et individ, kan det forårsage alvorlige problemer og endda død for en zygot fremstillet af det gamet med sletningen. Andre gange forårsager den del af kromosomet, der går tabt, ikke døden for afkommet. Denne type sletning ændrer de tilgængelige træk i genpulje. Undertiden er tilpasninger fordelagtige og vil blive positivt valgt til under naturlig valg. Andre gange gør disse sletninger faktisk afkomet svagere, og de vil dø ud, før de kan reproducere og videregive det nye gen, der er sat ned til den næste generation.
Når et stykke af kromosom bryder sammen, går det ikke altid helt tabt. Nogle gange vil et stykke kromosom fastgøre på et andet, ikke-homologt kromosom der har også mistet et stykke. Denne type kromosommutation kaldes translokation. Selvom genet ikke er helt tabt, kan denne mutation forårsage alvorlige problemer ved at have generne kodet på det forkerte kromosom. Nogle træk har brug for gener i nærheden for at inducere deres udtryk. Hvis de er på det forkerte kromosom, har de ikke disse hjælpergener til at få dem i gang, og de vil ikke blive udtrykt. Det er også muligt, at genet ikke blev udtrykt eller inhiberet af nærliggende gener. Efter translokation er disse inhibitorer muligvis ikke i stand til at stoppe ekspressionen, og genet transkriberes og oversættes. Afhængig af genet kan dette igen være en positiv eller negativ ændring for arten.
En anden mulighed for et stykke kromosom, der er blevet brudt, kaldes inversion. Under inversion vipper kromosomstykket rundt og fastgøres igen til resten af kromosomet, men på hovedet. Medmindre generne behøver at reguleres af andre gener via direkte kontakt, er inversioner ikke så alvorlige og holder ofte kromosomet korrekt. Hvis der ikke er nogen virkning på arten, betragtes inversionen som en stille mutation.