Mellem 1206 og 1368, en uklar gruppe af Centralasiatisk nomader eksploderede over stepperne og etablerede verdens største sammenhængende imperium i historien - det mongolske imperium. Anført af deres "oceaniske leder" Genghis khan (Chinggus Khan) tog mongolerne kontrol over ca. 24.000.000 kvadratkilometer (9.300.000 kvadratkilometer) af Eurasien fra ryggen på deres robuste små heste.
Det mongolske imperium var fyldt med hjemlig uro og borgerkrig på trods af, at regeringsførelse forblev tæt knyttet til den oprindelige Khans blodlinje. Alligevel lykkedes det imperiet at fortsætte med at udvide sig i næsten 160 år før dets tilbagegang og opretholde regeringsførerskabet i Mongoliet indtil slutningen af 1600-tallet.
Før en 1206 kurultai ("stamråd") i det, der nu kaldes Mongoliet, udnævnte ham til deres universelle leder, den lokale hersker Temujin - senere kendt som Genghis Khan - ville simpelthen sikre overlevelsen af sin egen lille klan i de farlige internecinekampe, der karakteriserede de mongolske sletter i dette periode.
Hans karisma og innovationer inden for lov og organisation gav imidlertid Genghis Khan værktøjerne til at udvide sit imperium eksponentielt. Han flyttede snart mod det nærliggende Jurchen og Tangut folk i det nordlige Kina men syntes ikke at have haft nogen hensigt om at erobre verden indtil 1218, da shahen fra Khwarezm konfiskerede en mongolsk delegations handelsgoder og henrettede de mongolske ambassadører.
Rasende over denne fornærmelse fra herskeren over hvad der er nu Iran, Turkmenistan, og Usbekistan, mongolen horder rusede vestover og fejede al modstand til side. Mongolerne kæmpede traditionelt løbende slag fra hesteryg, men de havde lært teknikker til at belejre murede byer under deres angreb på det nordlige Kina. Disse færdigheder stod dem godt i hele Centralasien og i Mellemøsten; byer, der åbnede deres porte, blev skånet, men mongolerne dræbte størstedelen af borgerne i enhver by, der nægtede at give efter.
Under Genghis Khan voksede det mongolske imperium til at omfatte Centralasien, dele af Mellemøsten og øst til grænserne på den koreanske halvø. Hjertene i Indien og Kina sammen med Koreas Goryeo Kingdom, afholdt mongolerne for tiden.
I 1227 døde Genghis Khan og efterlod sit imperium opdelt i fire khanater det ville blive styret af hans sønner og barnebarn. Disse var Khanatet af Den Gyldne Horde, i Rusland og Østeuropa; Ilkhanatet i Mellemøsten; Chagatai Khanate i Centralasien; og Khanatet for Den Store Khan i Mongoliet, Kina og Østasien.
I 1229 valgte Kuriltai Genghis Khans tredje søn Ogedei som hans efterfølger. Den nye store khan fortsatte med at udvide det mongolske imperium i alle retninger og etablerede også en ny hovedstad i Karakorum, Mongoliet.
I Østasien faldt det nordlige kinesiske Jin-dynasti, der var etnisk Jurchen, i 1234; den sydlige Song-dynasti overlevede dog. Ogedeis horder flyttede ind i Østeuropa og erobrede Ruslands bystater og fyrstendømmer (nu i Rusland, Ukraine og Hviderusland), inklusive den største by Kiev. Længere syd tog mongolerne også Persien, Georgien og Armenien i 1240.
I 1241 døde Ogedei Khan, hvilket bragte mongolernes momentum midlertidigt i deres erobringer af Europa og Mellemøsten til ophør. Batu Khans ordre forberedte sig på at angribe Wien, da nyhederne om Ogedeis død distraherede lederen. Det meste af den mongolske adel stod op bag Guyuk Khan, søn af Ogedei, men hans onkel afviste indkaldelse til kurultai. I mere end fire år var det store mongolske imperium uden en stor khan.
Endelig i 1246 accepterede Batu Khan valget af Guyuk Khan i et forsøg på at afholde en forestående borgerkrig. Guyuk Khans officielle valg betød, at den mongolske krigsmaskine endnu en gang kunne slibes i drift. Nogle tidligere erobrede folk benyttede lejligheden til at bryde fri fra mongolsk kontrol, mens imperiet var rodløst. Morderne eller Hashshashin af Persien for eksempel nægtede at anerkende Guyuk Khan som hersker over deres lande.
Kun to år senere, i 1248, døde Guyuk Khan enten af alkoholisme eller forgiftning, afhængigt af hvilken kilde man tror. Endnu en gang måtte den kejserlige familie vælge en efterfølger blandt alle sønner og barnebarn af Genghis Khan og gøre enighed om deres spredte imperium. Det tog tid, men en 1251 kurultai valgte officielt Mongke Khan, barnebarn af Genghis og søn af Tolui, som den nye store khan.
Mere af en bureaukrat end nogle af hans forgængere, rensede Mongke Khan mange af hans kusiner og deres tilhængere fra regeringen for at konsolidere hans egen magt og reformerede skattesystemet. Han gennemførte også en imperium-bred folketælling mellem 1252 og 1258. Under Mongke fortsatte mongolerne imidlertid deres ekspansion i Mellemøsten samt forsøg på at erobre Song-kineserne.
Mongke Khan døde i 1259 under kampagnen mod Sangen, og igen havde det mongolske imperium brug for et nyt hoved. Mens den kejserlige familie debatterede arven, Hulagu Khans tropper, der havde knust Assassinerne og fyret muslimen kalif's hovedstad i Bagdad, mødtes med nederlag i hænderne på egypterne Mamlukkerne i Slaget ved Ayn Jalut. Mongolerne ville aldrig genstarte deres ekspansionsdrev i vest, skønt Østasien var en anden sag.
Denne gang faldt det mongolske imperium ind i en borgerkrig før en anden af Genghis Khans barnebarn, Kublai Khan, formået at tage magten. Han besejrede sin fætter Ariqboqe i 1264 efter en hårdkæmpet krig og tog imperiets tøjler.
I 1271 udnævnte den store khan sig til grundlæggeren af Yuan-dynastiet i Kina og flyttede for alvor for endelig at erobre Song-dynastiet. Den sidste Song-kejser overgav sig i 1276 og markerede den mongolske sejr over hele Kina. Korea blev også tvunget til at hylde Yuan, efter yderligere slag og diplomatisk stærk bevæpning.
Kublai Khan overlod den vestlige del af hans rige til hans familie, og koncentrerede sig om ekspansion i Østasien. Han tvang Burma, Annam (nordlige Vietnam), Champa (det sydlige Vietnam) og Sakhalin-halvøen i sideelvningsforhold til Kina Yuan. Dog hans dyre invasioner af Japan i både 1274 og 1281 og Java (nu en del af Indonesien) i 1293 var komplette fiaskoer.
Kublai Khan døde i 1294, og Yuan-imperiet gik uden en kurultai til Temur Khan, Kublais barnebarn. Dette var et sikkert tegn på, at mongolerne blev mere synofied. I Ilkhanatet konverterede den nye mongolske leder Ghazan til Islam. En krig brød ud mellem Chagatai Khanate i Centralasien og Ilkhanatet, som blev støttet af Yuan. Herskeren af Golden Horde, Ozbeg, også muslim, genstartede de mongolske borgerkrig i 1312; i 1330'erne var det mongolske imperium ved hjælp af sømmene.
I 1335 mistede mongolerne kontrollen over Persien. Det Sorte død fejede over Centralasien langs mongolske handelsruter og udslettet hele byer. Goryeo Korea kastede mongolerne i 1350'erne. I 1369 havde Golden Horde mistet Hviderusland og Ukraine mod vest; I mellemtiden blev Chagatai Khanate opløst, og lokale krigsherrer trådte ind for at udfylde tomrummet. I 1368 mistede Yuan-dynastiet mest magt i Kina, styrtet af det etniske Han-kinesiske Ming-dynasti.
Genghis Khans efterkommere fortsatte med at regere i Mongoliet selv indtil 1635, da de blev besejret af Manchu. Deres store rige, verdens største sammenhængende landimperium, faldt imidlertid sammen i det fjortende århundrede efter mindre end 150 års eksistens.