Den tidligste kontakt mellem begge lande var gennem købmænd og opdagelsesrejsende. Senere i midten af 1800-tallet rejste flere repræsentanter fra USA til Japan for at forhandle handelsaftaler, herunder Commodore Matthew Perry i 1852, der forhandlede om første handelsaftale og Konvention af Kanagawa. På samme måde kom en japansk delegation til USA i 1860 i håb om at styrke diplomatiske og handelsmæssige forbindelser mellem begge lande.
anden Verdenskrig så landene hånede mod hinanden, efter at japanerne bombede den amerikanske flådebase i Pearl Harbor, Hawaii, i 1941. Krigen sluttede i 1945, efter at Japan havde fået enorme årsager fra atombombe af Hiroshima og Nagasaki og the ildebrand i Tokyo.
Den 14. august 1945 overgav Japan sig, hvilket førte til en besættelse af de sejrrige allierede styrker. Efter at have fået kontrol over Japan, U.S. præsident Harry Truman udnævnt til general Douglas MacArthur som øverste øverstbefalende for de allierede magter i Japan. De allierede styrker arbejdede på genopbygningen af Japan og konsoliderede politisk legitimitet ved at stå offentligt på kejseren Hirohitos side. Dette tilladt
MacArthur at arbejde inden for det politiske system. Ved udgangen af 1945 arbejdede ca. 350.000 amerikanske tjenestemænd i Japan med en lang række projekter.Under allieret kontrol foretog Japan en bemærkelsesværdig transformation transformeret af ny forfatning af Japan der understregede demokratiske principper, uddannelsesmæssige og økonomiske reformer og demilitarisering, der var indlejret i den nye japanske forfatning. Da reformerne fandt sted, flyttede MacArthur gradvist den politiske kontrol over til japanerne, der kulminerede i 1952-traktaten San Francisco, som officielt afsluttede besættelsen. Denne ramme var begyndelsen på et tæt forhold mellem begge lande, der varer indtil i dag.
Perioden efter San Francisco-traktaten er blevet kendetegnet ved et tæt samarbejde mellem begge lande med 47.000 amerikanske militærtjenestemænd tilbage i Japan efter invitation fra japanerne regering. Det økonomiske samarbejde har også spillet en stor rolle i forholdet til USA, der giver Japan betydelige mængder af støtte i efterkrigstiden, da Japan blev en allieret i Kold krig. Partnerskabet har resulteret i genoplivning af den japanske økonomi, som stadig er en af de stærkeste økonomier i regionen.